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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005003`

染色体: Chr01 坐标: 68076491-68103913 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005003`
名称	SmilChr01G005003
描述	uncharacterized SmilChr01G005003
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68076491 - 68103913 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005391`
GeneID	`131005391`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005391`
原始查询	`SmilChr01G005003`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial 28S ribosomal protein S29-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838258]; symbol=AT1G16870; hit=AT1G16870; species=arabidopsis; confidence=high
产物	mitochondrial 28S ribosomal protein S29-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838258]; symbol=AT1G16870; hit=AT1G16870; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G16870` (AT1G16870) mitochondrial 28S ribosomal protein S29-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838258] identity=66.6; qcov=0.882; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0202900` - identity=61.9; qcov=0.847; evalue=3.85e-175; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005763 (mitochondrial small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF10236 (DAP3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005391

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057788339.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057788339.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788339.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788339.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788339.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68076708`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C40
`Chr1:68084570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B65,B90,C28,C39
`Chr1:68084670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B131,B24
`Chr1:68084682`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B60,C24,D4,D7
`Chr1:68085918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B40,B68,C85
`Chr1:68096972`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,D7
`Chr1:68096986`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr1:68097037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A14,B106,B108,B117,B135,B136,B21,B33,B91,C43,C57,C68,C76
`Chr1:68097090`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D1
`Chr1:68097090`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D1
`Chr1:68097119`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B27
`Chr1:68097119`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788339.1

431 aa

216

431

DAP3

PF10236 DAP3 157-353 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788339.1`	Pfam	`PF10236`	DAP3	Family	157	353	2.4e-30	106.6	Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932356.1
TTCATCCCCAAAACCCCAACCTTGAAACCGAAAAGAAAAAGCTAAAGCCCATGCTACAACTTAATTCTGAAAAAAAATAAATTAAAACAAATATGCTGCTCTGATCGCTCCTTCGAGCAACCGCCGCCGCCGCGTCACTCCGGCAATCTCAGTGGCAGCTTACCAACTGCCGGAGCATGGTCTCGAAAACGCCTAAAGGTGGTTCCAGCAAAGTAAAGAACCCCCAGCCAAAATTCGATAAGAAAACACAGTCGAAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005391
ATGGTCTCGAAAACGCCTAAAGGTGGTTCCAGCAAAGTAAAGAACCCCCAGCCAAAATTCGATAAGAAAACACAGTCGAAATCCGATCTCAAGGATAAGAATCCCGAAGAAGTGCTGGTGGCAAGCCCCGAATCTATTGCTAAACAAGACACGGAGCTCCGCCGCCGCCTGCTAGCGGAGGATGAGAAGAACCCCGCCCTCGACGTGGGCCCCAATGGCCACCCCCTCTTCACTTCGGCTCCGTCTCTCTCTTCGCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788339.1
MVSKTPKGGSSKVKNPQPKFDKKTQSKSDLKDKNPEEVLVASPESIAKQDTELRRRLLAEDEKNPALDVGPNGHPLFTSAPSLSSLTGDDVNHYFRFSLKGLNEVLPEGLPLGMVKEFEESCRSALLVRQCFINLRDNFRQAIDPSLAAKSRGLKVRKQIVLDGLLSCGKSTVLAMLVNWARTEGWLVLYVPRGRDWTLGGLFYKNPDTNLWDTPVQAVNILQDFLKFNKSLLEGITCKILDPIPLGEGAGVGLPRGRDX...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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