当前解析结果
SmilChr01G005005| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005005 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005005 |
| 描述 | cold-regulated 413 plasma membrane protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 68105246 - 68107456 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005429 |
|---|---|
| GeneID | 131005429 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005429 |
| 原始查询 | SmilChr01G005005 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cold-regulated 413 plasma membrane protein 2-like |
| 产物 | cold-regulated 413 plasma membrane protein 2-like |
| Arabidopsis | AT3G50830 (COR413-PM2)cold-regulated 413-plasma membrane 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824247] identity=66; qcov=0.985; evalue=5.64e-94; confidence=high |
| Rice | Os03g0767800 (Oscor413-pm1)- identity=67.7; qcov=0.99; evalue=1.31e-89; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05562 (WCOR413) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005429 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057788407.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057788407.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057788407.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788407.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788407.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:68105622 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B49 |
Chr1:68105640 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B49 |
Chr1:68105644 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B49 |
Chr1:68105687 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B49 |
Chr1:68106711 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr1:68106866 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B133,D11 |
Chr1:68107115 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B60,C48,C58 |
Chr1:68107160 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,B8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788407.1PF05562
WCOR413 12-193 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788407.1 |
Pfam | PF05562 |
WCOR413 | Family | 12 | 193 | 4.5e-85 | 285.0 | Cold acclimation protein WCOR413 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。