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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005009

染色体: Chr01 坐标: 68118279-68120350 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005009
名称SmilChr01G005009
描述mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68118279 - 68120350 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005453
GeneID131005453
locus_tag-
NCBI NameLOC131005453
原始查询SmilChr01G005009

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
产物mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
ArabidopsisAT1G49410 (TOM6)
translocase of the outer mitochondrial membrane 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841365]
identity=75.9; qcov=1; evalue=2.9e-27; confidence=medium
RiceOs03g0626200
-
identity=42.6; qcov=1; evalue=1.04e-11; confidence=low
GOGO:0005742 (mitochondrial outer membrane translocase complex)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005453

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057788447.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057788447.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057788447.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057788447.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68118481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr1:68118550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B53,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932464.1
AATCTATGTATATACACACGCACATACATCCCAAGCAGTGAAAAAGGGGGTTAGGGTTTTAGAGCGGTTCCATTTCACAATTTCTTCGTCGAAACGAAAACAAAAGGAAAGAGAAAAAAAAAAAAGGAAAACTGCGAAGATGTTTCCAGGAATGTTTATGCGGAAGCCAGACAAAGCGGCGGCGCTGAAGCAGCTGAAGGGCCACGTCATGATGTTCGGAGCTTGGGTGGTGGTGATTCGGGCTGCCCCTTACGTTCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005453
ATGTTTCCAGGAATGTTTATGCGGAAGCCAGACAAAGCGGCGGCGCTGAAGCAGCTGAAGGGCCACGTCATGATGTTCGGAGCTTGGGTGGTGGTGATTCGGGCTGCCCCTTACGTTCTCCACTACTTCTCCGATCACAATGAGGAGCTCAAGCTCGACCTCTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788447.1
MFPGMFMRKPDKAAALKQLKGHVMMFGAWVVVIRAAPYVLHYFSDHNEELKLDL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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