Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005013`

染色体: Chr01 坐标: 68141937-68144775 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005013`
名称	SmilChr01G005013
描述	plastid division protein PDV2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68141937 - 68144775 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005411`
GeneID	`131005411`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005411`
原始查询	`SmilChr01G005013`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	plastid division protein PDV2
产物	plastid division protein PDV2
Arabidopsis	`AT2G16070` (PDV2) plastid division2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816104] identity=46.2; qcov=1.05; evalue=1.52e-78; confidence=high
Rice	`Os07g0123300` - identity=42.4; qcov=0.821; evalue=2.94e-58; confidence=medium
GO	GO:0010020 (chloroplast fission)
KEGG	-
Pfam	PF28116 (PDV_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057788380.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057788380.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057788380.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057788380.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788380.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68142199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:68142211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C26,C31
`Chr1:68142232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C26,C31
`Chr1:68142256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,B8
`Chr1:68142260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B38,B39,C13,D3
`Chr1:68142295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr1:68142303`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr1:68142310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr1:68142322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:68142331`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B45,C41,D1,D3
`Chr1:68142334`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B74
`Chr1:68142334`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788380.1

290 aa

145

290

PDV_N

PF28116 PDV_N 3-101 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788380.1`	Pfam	`PF28116`	PDV_N	Domain	3	101	4.4e-28	98.4	Plastid division protein N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932397.1
GGAAAGTAAGACAAGATCTTGGCCTTTGGCAAAGGTAGCAAATCTAAGGCTGTCTGCGGCCGCAAATATCTGCCAACTCTTAATCTTATTTCTTAACCACAATTTCTTTGATTTTGGTAGCACTGACTTTGGCGCTTTCTCTAAACTGATTTTGCTACGCCTGGAGCCCTCCTTCCCTCCCCGCCCCCAAACCTAAATAACTTCACATTCAGAATTTCAAGCGAAGAAGGAATTTTTGCTGCTTACAATGGATGAAGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005411
ATGGATGAAGATAGAATAGTGCTCGTTTTGGCGAAGACCTCAGAGTTAAGGTCCAAGATTATCAGCTGCATTCAGAATACAGCTTCTAATGTAGACAGAGAAAGTGGAGAGAGCGAGTCCAAGGAATCTGAAGCAAACCCAGATACACAGAATCAAGAAAACGATGTCGAGGAAGAAGCTGAGAGTCTCCTCAACATTAAAGACGCTCTTGAATCCCTTGAAGCGCAGCTGTCTTCTTTGCAGGCACTGCAGCAGCAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788380.1
MDEDRIVLVLAKTSELRSKIISCIQNTASNVDRESGESESKESEANPDTQNQENDVEEEAESLLNIKDALESLEAQLSSLQALQQQQWYEKEAALAEIEYSQKKLLKELKEYKGKDLEVIHEAVAFASETEDNNDLLLPPYPSRPSQSIVSKNGYLSTFTSSRRSPQNGFASGGPKNLPKNVHNSEAGGTFKSVRVLLGTAAKTAMTVVGVITILSLAGFEARLGKRDSRFKFSDLFQQRRDEEKGSNAECPPGKVPVVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器