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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005041

染色体: Chr01 坐标: 68340382-68343054 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005041
名称SmilChr01G005041
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18840
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68340382 - 68343054 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005348
GeneID131005348
locus_tag-
NCBI NameLOC131005348
原始查询SmilChr01G005041

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18840
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18840
ArabidopsisAT3G18840 (AT3G18840)
LOW protein: PPR containing-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821417]
identity=49.6; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0775400
-
identity=35.1; qcov=0.99; evalue=5.72e-130; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005348

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057788253.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788253.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788253.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788253.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68340673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr1:68340895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:68340968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B46,B62,C48,D9
Chr1:68341330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr1:68341442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr1:68341468 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B1
Chr1:68341468 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B1
Chr1:68341844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr1:68341948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr1:68341996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C66
Chr1:68342305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:68342426 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788253.1
683 aa
N
1
342
683
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 24-54 aa PF01535 PPR 55-78 aa PF01535 PPR 86-113 aa PF01535 PPR 197-216 aa PF13041 PPR_2 224-270 aa PF01535 PPR 226-255 aa PF01535 PPR 329-356 aa PF01535 PPR 358-381 aa PF01535 PPR 432-453 aa PF13041 PPR_2 458-504 aa PF13812 PPR_3 458-504 aa PF01535 PPR 460-490 aa PF13812 PPR_3 480-541 aa PF01535 PPR 495-522 aa PF01535 PPR 533-556 aa PF20431 E_motif 578-637 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 24 54 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 55 78 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 86 113 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 197 216 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 224 270 2.7e-61 204.2 PPR repeat family
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 226 255 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 329 356 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 358 381 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 432 453 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 458 504 2.7e-61 204.2 PPR repeat family
XP_057788253.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 458 504 3e-16 59.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 460 490 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 480 541 3e-16 59.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 495 522 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 533 556 3.6e-59 193.7 PPR repeat
XP_057788253.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 578 637 8.3e-11 42.7 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932270.1
CATTATCCATTTACAAGTTACAACTAGACCAACACAGGCAGACCGTGGGCCCATTTCTTGATCACCGTAGGCGCGCACACGAGCACATATTTGAACTCTTTTTTAAGAGTTGTAATATTCTCACGAACACATATTCGAACTCTTGTTAAGAGTTGTAACTTCTCAAAATCTGGGAGACAACGCTGTTGAGCAATTATACCAAATTTTGTATTTAATTCTTTAATTGTTCAATTCTTAAATGTGGAGTAAATGAGATCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005348
ATGAGATCCCTCAAGGAGGGGCTGAAGTTCCACGCGCACGCCGTCAAATCCGGTTTTCTCCCAAGAATCGTCACCGCCAATCAACTCATCGATTTCTACTCCAAACACAGTCTTACCAGAGATTCCCACAAACTGTTCGATGAAATGCCTGACCGAAACGTGTTCTCTTGGAACACCATAATAAGCGCCTATATCAGAAGCAGAAATTTAACCAAAGCAAAGGAGCTTTTCGATTCTTCCCCGCTCAAAGATTCCGTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788253.1
MRSLKEGLKFHAHAVKSGFLPRIVTANQLIDFYSKHSLTRDSHKLFDEMPDRNVFSWNTIISAYIRSRNLTKAKELFDSSPLKDSVTYNLVISGYARSDGCESNAIELFIQMQLDEDGARNDEFTLTTMLNLVAKLRVLRYGVQVHAFMVKSGNDRSGFALSSLIDMYSKCGSFWDACRVVNGRGGGEGMVDCVVKNALVAACCREGELETAKEIFLSDPELNDEVSWNTMIAGFAQNGREEGAVELFKCMALEGYRWNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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