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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005042

染色体: Chr01 坐标: 68343649-68350695 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005042
名称SmilChr01G005042
描述uncharacterized SmilChr01G005042
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68343649 - 68350695 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005342
GeneID131005342
locus_tag-
NCBI NameLOC131005342
原始查询SmilChr01G005042

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826786]; symbol=AT4G11800; hit=AT4G11800; species=arabidopsis; confidence=high
产物Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826786]; symbol=AT4G11800; hit=AT4G11800; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G11800 (AT4G11800)
Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826786]
identity=76.4; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0106000 (B1317D11.117-1)
-
identity=74; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005342

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057788242.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057788242.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057788242.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057788242.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788242.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68343907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,C64,C66
Chr1:68343913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B38,B39,C13
Chr1:68344237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B38,B39,C13,C82
Chr1:68344277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr1:68344354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B38,C13,C47,C82
Chr1:68344496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B7,D11
Chr1:68344574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,C22
Chr1:68344583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C82
Chr1:68344959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,C22
Chr1:68345339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B7,D11
Chr1:68345479 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B77
Chr1:68345479 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788242.1
1022 aa
N
1
511
1022
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 424-588 aa
XP_057788243.1
1022 aa
N
1
511
1022
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 424-588 aa
XP_057788244.1
1022 aa
N
1
511
1022
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 424-588 aa
XP_057788245.1
1022 aa
N
1
511
1022
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 424-588 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788242.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 424 588 3.3e-05 25.1 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057788243.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 424 588 3.3e-05 25.1 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057788244.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 424 588 3.3e-05 25.1 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057788245.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 424 588 3.3e-05 25.1 Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932259.1
AATGTTCCCACAAAAAAGAAGAAAAAGAAGGAAACATGCCCTTGCCCTATGCGACGTCGTTTCTGGCTTTCTTCCCCAACTTTTTCCTATAATCGATCATCCATTCCGAAATCAGTTAACCTCCTCTCCCAACGGCGAGTCATCGGCACCGAGAATACGCCGGCGAAGCACGAGCGTGCAAACACTGTCATTGACGATAGCCAAGCTTCTCGACGACGCAGCGCGGCATTTTGAACTTTTCGGTTGCCATCACATTCAAC...
XM_057932262.1
AATGTTCCCACAAAAAAGAAGAAAAAGAAGGAAACATGCCCTTGCCCTATGCGACGTCGTTTCTGGCTTTCTTCCCCAACTTTTTCCTATAATCGATCATCCATTCCGAAATCAGTTAACCTCCTCTCCCAACGGCGAGTCATCGGCACCGAGAATACGCCGGCGAAGCACGAGCGTGCAAACACTGTCATTGACGATAGCCAAGCTTCTCGACGACGCAGCGCGGCATTTTGAACTTTTCGGTTGCCATCACATTCAAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131005342
ATGGGCTCTGACAAACAGAACTCTGGTTTATTGGAGACTCTAAAGATGGAGACAGTTAGGACTATATTCACTCACACGTATCCATATCCACATGAACATTCACGGCATGCTGTCATTGCTGTTTTTATAGGTTGCCTATTTTTCATATCATCAGATAACATGCACACTCTTGTTCAGAAGCTAGACAGCAATATTAAGTGGTGGTCTATGTATGCGTGCTTGCTGGGGTTCTTCTATTTCTTTTCTTCCCCTTTTATAGG...
LOC131005342
ATGGGCTCTGACAAACAGAACTCTGGTTTATTGGAGACTCTAAAGATGGAGACAGTTAGGACTATATTCACTCACACGTATCCATATCCACATGAACATTCACGGCATGCTGTCATTGCTGTTTTTATAGGTTGCCTATTTTTCATATCATCAGATAACATGCACACTCTTGTTCAGAAGCTAGACAGCAATATTAAGTGGTGGTCTATGTATGCGTGCTTGCTGGGGTTCTTCTATTTCTTTTCTTCCCCTTTTATAGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057788242.1
MGSDKQNSGLLETLKMETVRTIFTHTYPYPHEHSRHAVIAVFIGCLFFISSDNMHTLVQKLDSNIKWWSMYACLLGFFYFFSSPFIGKTIKPSYSNFSRWYIAWILVAALYHLPSFQSMGVDMRMNLSLFITIYISSILFLLVFHIIFIGLWYIGLVARVAGRRPAILTILQNCAVISVACCVFYSHCGNRANIREKTFERRNSGWFTLWNKEERNSWLAKFVRMNEFKDQVCKSWFAPVGSANDYPFLSKWVIYGELTC...
XP_057788243.1
MGSDKQNSGLLETLKMETVRTIFTHTYPYPHEHSRHAVIAVFIGCLFFISSDNMHTLVQKLDSNIKWWSMYACLLGFFYFFSSPFIGKTIKPSYSNFSRWYIAWILVAALYHLPSFQSMGVDMRMNLSLFITIYISSILFLLVFHIIFIGLWYIGLVARVAGRRPAILTILQNCAVISVACCVFYSHCGNRANIREKTFERRNSGWFTLWNKEERNSWLAKFVRMNEFKDQVCKSWFAPVGSANDYPFLSKWVIYGELTC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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