Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005045`

染色体: Chr01 坐标: 68382546-68386868 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005045`
名称	SmilChr01G005045
描述	polyol transporter 5-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68382546 - 68386868 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005375`
GeneID	`131005375`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005375`
原始查询	`SmilChr01G005045`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyol transporter 5-like
产物	polyol transporter 5-like
Arabidopsis	`AT3G18830` (PMT5) polyol/monosaccharide transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821416] identity=66.9; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0582400` - identity=66.9; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005351 (carbohydrate:proton symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005375

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057788299.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057788299.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057788299.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788299.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788299.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68383225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B123,B131,B65,C38
`Chr1:68383417`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B55,B79,C23,D3
`Chr1:68383437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B47,C4,C65
`Chr1:68385763`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:68385828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr1:68385829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B17,B54,C73,C82
`Chr1:68385949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:68385976`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:68386054`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B60
`Chr1:68386054`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B60
`Chr1:68386102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:68386138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C30,C57,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788299.1

522 aa

261

522

Sugar_tr

MFS_1

PF00083 Sugar_tr 36-494 aa PF07690 MFS_1 42-438 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788299.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	36	494	1.4e-112	377.6	Sugar (and other) transporter
`XP_057788299.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	42	438	4.1e-29	102.3	Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932316.1
GGCAACAATGATCTTTGACCTTATGCTTACCCAGCAAAACTAAGCTCAATTAGTCAGACTCAAACTTTGATATTACTGAATTAATTGTTAGTTAAATTTTCTACTATCTCTCTCTTCACCACTCTCTCTTCCTATAAATATCCCACCCCACCACTCAACACCAACGCCTCTTATCCTTAACTACCACAATCCTCATTTGAAACCCGGCCAACACCGCCGTCCCCCGCCGCTCTCCGCCGCCCCCCATGGCTGATAAGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005375
ATGGCTGATAAGACGCCAGAGAATATTAACGGTGGCGGCGCTCTCGCCACCGAATCTCAACTGCCTACACCCACAAAACCAAAAAGAAACAAGTATGCTTTGGCTTGTGCTTTCTTGGCTTCCATGACCTCCATCTTACTCGGATATGATATAGGAGTAATGAGTGGAGCCATAATCTACATTAGGAGAGAGATAAAGATGACGGATGGACAAAAAGAGGTGATTATGGGAATCCTTAATGTCTACTCGCTCCTCGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788299.1
MADKTPENINGGGALATESQLPTPTKPKRNKYALACAFLASMTSILLGYDIGVMSGAIIYIRREIKMTDGQKEVIMGILNVYSLLGSAAAGRTSDWLGRRYTIVFAGAIFFVGAFLMGFATNYAFLMAGRFVAGIGVGYALMIAPVYTAEVAPASARGFLSSFPEVFINFGILLGYVSNYGFSKLPDNIGWRLMLGIGALPAVFIAIGVLAMPESPRWLVMQGRLGDAKRVLDRTSDSAEESRNRLAEIKEAAGIPEHCH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器