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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005049

染色体: Chr01 坐标: 68423403-68425871 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005049
名称SmilChr01G005049
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 32
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68423403 - 68425871 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005431
GeneID131005431
locus_tag-
NCBI NameLOC131005431
原始查询SmilChr01G005049

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 32
产物mediator of RNA polymerase II transcription subunit 32
ArabidopsisAT1G11760 (MED32)
mediator of RNA polymerase II transcription subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837720]
identity=65.1; qcov=1.05; evalue=2.5e-67; confidence=high
RiceOs10g0548400
-
identity=68.6; qcov=0.814; evalue=8.39e-47; confidence=medium
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009631 (cold acclimation); GO:0010150 (leaf senescence); GO:0016592 (mediator complex); GO:0048364 (root development)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005431

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788410.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057788409.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057788410.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788409.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788409.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68424292 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 172 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B115,B118,B119,B120,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B129,B131,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B18,B2,B20,B21,B22,B24,B27,B28,B32,B34,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B80,B84,B85,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C16,C17,C18,C19,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C32,C33,C34,C39,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C56,C57,C58,C60,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C77,C78,C79,C81,C82,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D3,D6,D7,D8
Chr1:68424294 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 172 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B115,B118,B119,B120,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B129,B131,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B18,B2,B20,B21,B22,B24,B27,B28,B32,B34,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B80,B84,B85,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C16,C17,C18,C19,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C32,C33,C34,C39,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C56,C57,C58,C60,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C77,C78,C79,C81,C82,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D3,D6,D7,D8
Chr1:68425302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:68425652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B68,B96,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932426.1
ATTTTTGGTGCGCTTGTGCACTGAACCGATAAATATATAGTACTTATATTTTATTATATATAATTAATTTAAATTATAGTAATTTTATAATGGTTAACCCTAAAACTAACAATCTGAAAAATTCATGCACCGCGCTCCCCCACTCCTCCTAGGCGGCCTCTGACCTCTCTTCCCACTTCCGATCTGTGAGCTGCCAGCGACTGCCCGCCGTCCGCGACAGCCCAGCCGGCCAGCCCCCTTCCCGGCTCCCCCTTCCGGCG...
XM_057932428.1
AAACTAACAATCTGAAAAATTCATGCACCGCGCTCCCCCACTCCTCCTAGGCGGCCTCTGACCTCTCTTCCCACTTCCGATCTGTGAGCTGCCAGCGACTGCCCGCCGTCCGCGACAGCCCAGCCGGCCAGCCCCCTTCCCGGCTCCCCCTTCCGGCGCGGCCCGTCCCAGCATCCCCCGGTCCCCCACTTCCGGCGAGGAACAGCAGTCAGCAGCAGCTTCTTCTTCCGCGTGGAGATTTCGGATGGACAATATAGTGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005431
ATGCTCACCCTACTCTCTTCTCACTCTCGTCTCTACTATCTATCCCTCGCATTGCTCTCTCCGCCTCTCTCTCTTTCGTCTCCGCGCCGCCGTCATCGTATTCGCCCCACCTCCTCCGTCCGCAGCAGTGGCCTCCGTCCAACAGGCAACAGCAGATTTCGGATGGACAATATAGTGGATTCCTTGACTAGTGCCCATCAAGAGTTCATTTCTGCAGCAGCTAGTACATTGGAGGCAAAAGAGAACTCGGGTGGTCAAAA...
LOC131005431
ATGGACAATATAGTGGATTCCTTGACTAGTGCCCATCAAGAGTTCATTTCTGCAGCAGCTAGTACATTGGAGGCAAAAGAGAACTCGGGTGGTCAAAAAACTCCTGCCACTGATGCTGCACTAGAGAATTTCAAGCAACGGTGGGAGCTGTTCCGAGTTGCTTGTGATCAAGCAGAAGAATTTGTAGAATCTGTAAAGCAAAGAATTGGGTCCGAGTGTCTTGTGGATGAGGCTACTGGCTCTGTCGCTCCTAAACCTGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057788409.1
MLTLLSSHSRLYYLSLALLSPPLSLSSPRRRHRIRPTSSVRSSGLRPTGNSRFRMDNIVDSLTSAHQEFISAAASTLEAKENSGGQKTPATDAALENFKQRWELFRVACDQAEEFVESVKQRIGSECLVDEATGSVAPKPGQPAPSGLPPISAVRLEQMSKAVRWLVIELQQGSGLGGGTSHPNSAAPFDARFTEDAAQ
XP_057788410.1
MDNIVDSLTSAHQEFISAAASTLEAKENSGGQKTPATDAALENFKQRWELFRVACDQAEEFVESVKQRIGSECLVDEATGSVAPKPGQPAPSGLPPISAVRLEQMSKAVRWLVIELQQGSGLGGGTSHPNSAAPFDARFTEDAAQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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