Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005051`

染色体: Chr01 坐标: 68451266-68455359 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005051`
名称	SmilChr01G005051
描述	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 6, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68451266 - 68455359 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005413`
GeneID	`131005413`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005413`
原始查询	`SmilChr01G005051`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 6, chloroplastic
产物	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 6%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G11750` (CLPP6) CLP protease proteolytic subunit 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837719] identity=72.7; qcov=1; evalue=2.03e-144; confidence=high
Rice	`Os03g0411500` (VYL) - identity=72.5; qcov=0.73; evalue=3.73e-112; confidence=high
GO	GO:0004176 (ATP-dependent peptidase activity); GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006515 (protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins); GO:0009368 (endopeptidase Clp complex); GO:0051117 (ATPase binding)
KEGG	-
Pfam	PF00574 (CLP_protease)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788383.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057788383.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788383.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788383.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788383.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68451841`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	124	A1,A13,A16,A18,A21,A23,A24,A3,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B103,B11,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B120,B125,B127,B129,B13,B130,B131,B135,B137,B138,B139,B15,B18,B2,B20,B24,B25,B28,B3,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B45,B46,B48,B49,B5,B51,B53,B55,B58,B6,B62,B63,B67,B69,B7,B70,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B83,B84,B87,B89,B91,B97,B98,C1,C10,C12,C16,C17,C18,C21,C22,C23,C25,C28,C29,C3,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C43,C44,C45,C47,C52,C54,C55,C56,C60,C68,C7,C71,C72,C78,C79,C83,C84,C85,D1,D5,D7,D8
`Chr1:68451931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B39
`Chr1:68453563`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,B8
`Chr1:68453640`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B2,C11,C33,C69
`Chr1:68453698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B48
`Chr1:68453707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B39,B94,C13,D3
`Chr1:68453721`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B114
`Chr1:68453721`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B114
`Chr1:68454638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:68454905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788383.1

276 aa

138

276

CLP_protease

PF00574 CLP_protease 99-260 aa

XP_057788384.1

274 aa

137

274

CLP_protease

PF00574 CLP_protease 99-272 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788383.1`	Pfam	`PF00574`	CLP_protease	Domain	99	260	1.6e-60	204.8	Clp protease
`XP_057788384.1`	Pfam	`PF00574`	CLP_protease	Domain	99	272	3.3e-67	226.6	Clp protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932401.1
GATGAATATGTAATCTCGAAAAAGTAAATGAAAAAGAAATCGGTTTCCCTTCGGCGGTCTCATCTAAGTCGCAGTAGCTAAAGGGAAAGTCGGGTGTTTTGGAACGCGACTTTCGTTGTCGAAGAGCAGAAGAGAATACGAAAACCCCCAACACGAAACAGTATCCGTTCTTCGCCATTTTCGTTTTATCATCGGAGGATGGTGACGTCAGCAATGGCGACGCCGCTTAATGTCTCGATTGCTTCTCCCCGTGAAAAATT...

XM_057932400.1
CCCTTCGGCGGTCTCATCTAAGTCGCAGTAGCTAAAGGGAAAGTCGGGTGTTTTGGAACGCGACTTTCGTTGTCGAAGAGCAGAAGAGAATACGAAAACCCCCAACACGAAACAGTATCCGTTCTTCGCCATTTTCGTTTTATCATCGGAGGATGGTGACGTCAGCAATGGCGACGCCGCTTAATGTCTCGATTGCTTCTCCCCGTGAAAAATTGACAACCTCTCGGTCATTTGCGCTGAGAAAATTTAGTTTGAGACCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005413
ATGGTGACGTCAGCAATGGCGACGCCGCTTAATGTCTCGATTGCTTCTCCCCGTGAAAAATTGACAACCTCTCGGTCATTTGCGCTGAGAAAATTTAGTTTGAGACCTGTAATTTCAGCTCATTCAAGCTCATATGGCGATTCTTCATCCATCGGGTTTTCGAGTAGACAAAGCAAATTGCCTTTAAAGATTGAACAAGATGATGTGTATTCTAATCCGAGTAATGCTGTTATAGAAGCCAAAAAGGGAAATCCGCCAAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057788383.1
MVTSAMATPLNVSIASPREKLTTSRSFALRKFSLRPVISAHSSSYGDSSSIGFSSRQSKLPLKIEQDDVYSNPSNAVIEAKKGNPPIMPAVITPGGPLDLSTVLFRSRIIFIGQPINSQVAQRVISQLVTLATIDEESDILIYLNCPGGSTYSVLAIYDCMSWIKPKVGTVCFGVAASQGALLLAGGEKGMRYSMPNARIMIHQPQSGCGGHVEDVRRQVNEAVQSRHKIDKMYAAFTGQSLEKVQQYTERDRFLSVSEV...

XP_057788384.1
MVTSAMATPLNVSIASPREKLTTSRSFALRKFSLRPVISAHSSSYGDSSSIGFSSRQSKLPLKIEQDDVYSNPSNAVIEAKKGNPPIMPAVITPGGPLDLSTVLFRSRIIFIGQPINSQVAQRVISQLVTLATIDEESDILIYLNCPGGSTYSVLAIYDCMSWIKPKVGTVCFGVAASQGALLLAGGEKGMRYSMPNARIMIHQPQSGCGGHVEDVRRQVNEAVQSRHKIDKMYAAFTGQSLEKVQQYTERDRFLSVSEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器