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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005064

染色体: Chr01 坐标: 68537871-68541918 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005064
名称SmilChr01G005064
描述glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68537871 - 68541918 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005377
GeneID131005377
locus_tag-
NCBI NameLOC131005377
原始查询SmilChr01G005064

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
产物glucan endo-1%2C3-beta-D-glucosidase
ArabidopsisAT4G34480 (AT4G34480)
O-Glycosyl hydrolases family 17 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829599]
identity=72.2; qcov=0.72; evalue=1.62e-177; confidence=high
RiceOs03g0669300 (OSJNBa0039O18.8)
-
identity=63; qcov=0.718; evalue=8.67e-142; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00332 (Glyco_hydro_17); PF07983 (X8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005377

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 1.00000 XP_057788302.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057788302.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057788303.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788302.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788302.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68538197 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr1:68538197 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr1:68538220 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 6 B111,B47,B81,B82,C74,C76
Chr1:68538273 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 36 A14,A15,A18,A4,B12,B121,B122,B123,B124,B140,B26,B27,B38,B39,B51,B55,B64,B75,B87,B94,C13,C16,C22,C3,C40,C49,C51,C61,C63,C71,C78,C87,D3,D4,D5,D9
Chr1:68538302 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B51
Chr1:68538302 GAT G 2bp_deletion CDS_variant 1 B51
Chr1:68538524 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B126
Chr1:68538524 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 1 B126
Chr1:68538599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C38
Chr1:68538638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:68539016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,C22
Chr1:68539067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,C65,D2,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788302.1
503 aa
N
1
252
503
Glyco_hydro_17
X8
C
PF00332 Glyco_hydro_17 31-345 aa PF07983 X8 415-484 aa
XP_057788303.1
477 aa
N
1
238
477
Glyco_hydro_17
C
PF00332 Glyco_hydro_17 31-345 aa
XP_057788304.1
476 aa
N
1
238
476
Glyco_hydro_17
C
PF00332 Glyco_hydro_17 31-345 aa
XP_057788305.1
476 aa
N
1
238
476
Glyco_hydro_17
C
PF00332 Glyco_hydro_17 31-345 aa
XP_057788306.1
475 aa
N
1
238
475
Glyco_hydro_17
C
PF00332 Glyco_hydro_17 31-345 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788302.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 31 345 5.1e-77 260.2 Glycosyl hydrolases family 17
XP_057788302.1 Pfam PF07983 X8 Domain 415 484 1.5e-20 74.3 X8 domain
XP_057788303.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 31 345 4.5e-77 260.4 Glycosyl hydrolases family 17
XP_057788304.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 31 345 4.5e-77 260.4 Glycosyl hydrolases family 17
XP_057788305.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 31 345 4.5e-77 260.4 Glycosyl hydrolases family 17
XP_057788306.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 31 345 4.5e-77 260.4 Glycosyl hydrolases family 17

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932319.1
ATGTATACTTTCATTTTATTCCGGTACTTACACAAAGGTGCGAAATCAAACCCATAAAGCCAATCCAATAAAAAGTAGTGGATTTCCTTAGATGAGAAGTATTTCCAAGAACACAAATTCTTACCCTCAAAAAAAAAAAGAACACAAATTCTTTTCTTTTCTGATATCCATTGCATCATCATCTTTCCAATTCTACCCCTCTTTTTTGCCATCACCACAACTTCCCATTCCTCACGTTTCTATTTCCAATTCCAAACCCC...
XM_057932321.1
CTTTCATTTTATTCCGGTACTTACACAAAGGTGCGAAATCAAACCCATAAAGCCAATCCAATAAAAAGTAGTGGATTTCCTTAGATGAGAAGTATTTCCAAGAACACAAATTCTTACCCTCAAAAAAAAAAAGAACACAAATTCTTTTCTTTTCTGATATCCATTGCATCATCATCTTTCCAATTCTACCCCTCTTTTTTGCCATCACCACAACTTCCCATTCCTCACGTTTCTATTTCCAATTCCAAACCCCCTTTCTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131005377
ATGGCGTCAGACTTTCAGACATATTCTTCCACTGCAGCAGTTTTCTGCTTTTTCTTGCTCTCATTTCACTCTGCAAATGCGCAGTCGTTCATCGGAGTGAATTACGGGCAGGTGGCGGACAACCTGCCGCCGCCGGAGGCGACGGCGAAGCTCCTGCAGTCGACGAGCATCGAGAAGGTCCGGCTGTACGGCGCCGACCCGGCGATCATCAAGGCGCTCGCCAACACCGGCATCGGGATTGTGATCGGCGCCGCCAACGG...
LOC131005377
ATGGCGTCAGACTTTCAGACATATTCTTCCACTGCAGCAGTTTTCTGCTTTTTCTTGCTCTCATTTCACTCTGCAAATGCGCAGTCGTTCATCGGAGTGAATTACGGGCAGGTGGCGGACAACCTGCCGCCGCCGGAGGCGACGGCGAAGCTCCTGCAGTCGACGAGCATCGAGAAGGTCCGGCTGTACGGCGCCGACCCGGCGATCATCAAGGCGCTCGCCAACACCGGCATCGGGATTGTGATCGGCGCCGCCAACGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057788302.1
MASDFQTYSSTAAVFCFFLLSFHSANAQSFIGVNYGQVADNLPPPEATAKLLQSTSIEKVRLYGADPAIIKALANTGIGIVIGAANGDIPALASDPNFAGNWVNSNVLAFYPASKIIVVTVGNEVITLPDQNLASQLVPAMQNVQNALNAASLGGKVKVSTVHSMAVLSQSEPPSGGAFGYGDTMKGLLQFLSTNGAPLMINPYPFFAYRDDPRPETKAFCLFQPNAGRLDANTGIKYMNMWDAQVDAIHSALKASGFKD...
XP_057788303.1
MASDFQTYSSTAAVFCFFLLSFHSANAQSFIGVNYGQVADNLPPPEATAKLLQSTSIEKVRLYGADPAIIKALANTGIGIVIGAANGDIPALASDPNFAGNWVNSNVLAFYPASKIIVVTVGNEVITLPDQNLASQLVPAMQNVQNALNAASLGGKVKVSTVHSMAVLSQSEPPSGGAFGYGDTMKGLLQFLSTNGAPLMINPYPFFAYRDDPRPETKAFCLFQPNAGRLDANTGIKYMNMWDAQVDAIHSALKASGFKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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