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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005066

染色体: Chr01 坐标: 68550983-68556427 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005066
名称SmilChr01G005066
描述probable receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g34500
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68550983 - 68556427 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005384
GeneID131005384
locus_tag-
NCBI NameLOC131005384
原始查询SmilChr01G005066

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g34500
产物probable receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g34500
ArabidopsisAT4G34500 (AT4G34500)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829601]
identity=61.4; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0227900
-
identity=74.6; qcov=0.652; evalue=1.34e-175; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005384

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057788319.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788319.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788319.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788319.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788319.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68551522 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B78
Chr1:68551522 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B78
Chr1:68551546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:68552016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C5
Chr1:68552126 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 C71,D8
Chr1:68552126 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 C71,D8
Chr1:68552346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A20
Chr1:68552555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:68555711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B7,B89
Chr1:68555929 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 9 A22,B119,B2,B60,B70,B8,B83,C12,C59
Chr1:68555941 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 9 A22,B119,B2,B60,B70,B8,B83,C12,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788319.1
474 aa
N
1
237
474
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 153-421 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 155-423 aa
XP_057788320.1
471 aa
N
1
236
471
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 153-421 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 155-423 aa
XP_057788321.1
471 aa
N
1
236
471
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 153-421 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 155-423 aa
XP_057788322.1
471 aa
N
1
236
471
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 153-421 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 155-423 aa
XP_057788323.1
471 aa
N
1
236
471
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 153-421 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 155-423 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788319.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 153 421 4.8e-44 151.4 Protein kinase domain
XP_057788319.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 155 423 7.4e-45 154.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057788320.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 153 421 4.7e-44 151.5 Protein kinase domain
XP_057788320.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 155 423 7.3e-45 154.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057788321.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 153 421 4.7e-44 151.5 Protein kinase domain
XP_057788321.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 155 423 7.3e-45 154.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057788322.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 153 421 4.7e-44 151.5 Protein kinase domain
XP_057788322.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 155 423 7.3e-45 154.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057788323.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 153 421 4.7e-44 151.5 Protein kinase domain
XP_057788323.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 155 423 7.3e-45 154.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095253.1
TCTTCTAAGCCCAAATTCAAACACACTAATTTCAATATTTCATCGACATAAACACACACACACTCTCTCACTCGCTCATTTTCATCGTATCCGTTGAGGTTGAATGCTGCTGCCAATCGCCATCGACATAATATGCATATTAATCCATGTTTCATCCCTCAATTGTCCATTTTCACCTCAATTTTCTCAATCCAAATTTAGTCTCGCATTCAATTCAGCCGCAGTAGCATGCACTAACGTCGTTTTCCACACACACACGC...
XR_009095252.1
TCTTCTAAGCCCAAATTCAAACACACTAATTTCAATATTTCATCGACATAAACACACACACACTCTCTCACTCGCTCATTTTCATCGTATCCGTTGAGGTTGAATGCTGCTGCCAATCGCCATCGACATAATATGCATATTAATCCATGTTTCATCCCTCAATTGTCCATTTTCACCTCAATTTTCTCAATCCAAATTTAGTCTCGCATTCAATTCAGCCGCAGTAGCATGCACTAACGTCGTTTTCCACACACACACGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131005384
ATGGCGGCTTCCGGCGACTCCGCCGATGGGAGCGTTTTCACCGCCAAAACTCCAATTCTCCGCCAGAAGCTCTACGTGGTCATAATCGCTACCGTCCTGCTCGCGCTGGCCGTTTTTGTTCTGGTATACGTCTTCCTCCGCCGCCGGAGCTGCAAGCGACGCCGCGTCGGCGCCAAGCGCGGCGCCGGACTCATTCCCCTGGTTAACGAGCCGGATCAACGCCGAGCAGTTGAAGGTTTGAATGGCGGTGAGAAGAAGGT...
LOC131005384
ATGGCGGCTTCCGGCGACTCCGCCGATGGGAGCGTTTTCACCGCCAAAACTCCAATTCTCCGCCAGAAGCTCTACGTGGTCATAATCGCTACCGTCCTGCTCGCGCTGGCCGTTTTTGTTCTGGTATACGTCTTCCTCCGCCGCCGGAGCTGCAAGCGACGCCGCGTCGGCGCCAAGCGCGGCGCCGGACTCATTCCCCTGGTTAACGAGCCGGATCAACGCCGAGCAGTTGAAGGTTTGAATGGCGGTGAGAAGAAGGT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057788319.1
MAASGDSADGSVFTAKTPILRQKLYVVIIATVLLALAVFVLVYVFLRRRSCKRRRVGAKRGAGLIPLVNEPDQRRAVEGLNGGEKKVFLVESVVKAAQIESESKKASSVSYESSTTRSESSSVLSASTDGLGSFGWGKCYTLRELQTASNQFSEENVIGEGGYGVVYRGVLHDGSVVAIKNLSNKRGHAEKEFKVEVEAIGKVRHKNLVGLIGYCAEGTERLLVYEYIDNGNLEQWLHGDVGPVSPLTWEVRMKIAVGAA...
XP_057788320.1
MAASGDSADGSVFTAKTPILRQKLYVVIIATVLLALAVFVLVYVFLRRRSCKRRRVGAKRGAGLIPLVNEPDQRRAVEGLNGGEKKVFLVESVVKAAQIESESKKASSVSYESSTTRSESSSVLSASTDGLGSFGWGKCYTLRELQTASNQFSEENVIGEGGYGVVYRGVLHDGSVVAIKNLSNKRGHAEKEFKVEVEAIGKVRHKNLVGLIGYCAEGTERLLVYEYIDNGNLEQWLHGDVGPVSPLTWEVRMKIAVGAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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