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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005078`

染色体: Chr01 坐标: 68665122-68666594 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005078`
名称	SmilChr01G005078
描述	uncharacterized SmilChr01G005078
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68665122 - 68666594 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005444`
GeneID	`131005444`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005444`
原始查询	`SmilChr01G005078`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rpl27-1; symbol=rpl27-1; hit=Os08g0404300; species=rice; confidence=high
产物	rpl27-1; symbol=rpl27-1; hit=Os08g0404300; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G15220` (AT5G15220) Ribosomal protein L27 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831374] identity=64.2; qcov=1.01; evalue=1.79e-67; confidence=high
Rice	`Os08g0404300` (rpl27-1) - identity=70.1; qcov=0.966; evalue=1.63e-71; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01016 (Ribosomal_L27)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005444

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057788430.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.80000	`XP_057788430.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788430.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788430.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788430.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68665761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,C55,C56
`Chr1:68665777`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B2,B5,C16
`Chr1:68665777`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B2,B5,C16
`Chr1:68665916`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	34	A14,A19,A23,A3,A9,B1,B100,B107,B109,B114,B12,B122,B126,B13,B17,B29,B3,B42,B6,B60,B77,B78,B79,C16,C26,C33,C40,C54,C56,C60,C63,C71,C82,C87
`Chr1:68665953`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B119,B77,B88,C85
`Chr1:68665953`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B119,B77,B88,C85
`Chr1:68665970`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C38
`Chr1:68665971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr1:68665992`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B122,B13,B47,B54,C5
`Chr1:68665992`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B122,B13,B47,B54,C5
`Chr1:68666023`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	140	A10,A11,A14,A16,A19,A2,A22,A23,A3,A7,A8,B1,B10,B100,B102,B103,B106,B108,B109,B11,B114,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B126,B129,B13,B132,B134,B135,B136,B137,B14,B15,B17,B18,B2,B20,B21,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B34,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B48,B50,B51,B54,B57,B59,B6,B62,B63,B65,B67,B68,B7,B71,B74,B75,B77,B78,B80,B83,B86,B88,B9,B94,B97,B98,C1,C16,C18,C19,C20,C21,C24,C25,C26,C28,C3,C33,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C53,C54,C56,C58,C59,C60,C62,C63,C65,C67,C68,C7,C71,C72,C73,C74,C75,C77,C78,C8,C82,C84,C85,C86,C87,D10,D2,D3,D8,D9
`Chr1:68666269`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C16,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788430.1

149 aa

149

Ribosomal_L27

PF01016 Ribosomal_L27 42-122 aa

XP_057788431.1

149 aa

149

Ribosomal_L27

PF01016 Ribosomal_L27 42-122 aa

XP_057788432.1

149 aa

149

Ribosomal_L27

PF01016 Ribosomal_L27 42-122 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788430.1`	Pfam	`PF01016`	Ribosomal_L27	Family	42	122	1.9e-36	124.6	Ribosomal L27 protein
`XP_057788431.1`	Pfam	`PF01016`	Ribosomal_L27	Family	42	122	1.9e-36	124.6	Ribosomal L27 protein
`XP_057788432.1`	Pfam	`PF01016`	Ribosomal_L27	Family	42	122	1.9e-36	124.6	Ribosomal L27 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932447.1
TAAACAGACCCGGGCCCGGTTCATTGGCCGCATATAAAGACCGCTTTCTACAAACTGGGCCGCCTATCTTCACTGGGGCGGGTCGCAGATTTATCTACTGCTGCGTATTAAGCAAACATCATGAATTCCGTTGCATCTCTGTACAGAAGATTAAGCATTAGGGATCTGATCTCCAACACGCCTGTTTACAGTTCAGCTACTGATGTATCCGGGGAGGGATTGAGTTTGGTGTTGAGGCGATGGGCTAGCAAGAAAACGGC...

XM_057932448.1
ATATAAAGACCGCTTTCTACAAACTGGGCCGCCTATCTTCACTGGGGCGGGTCGCAGGTTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTGAGACACACGCTCGCACGCAGTCAGTCTTCTTCTTCATCTCACCGCCGGTGGAATTCCGGTGGACTATAAATTTTCCAGGAGTGTGAAGCGTCTCGCTTTATGCTGCCTTATGCTGTGCTTTCGTATAAGATTTATCTACTGCTGCGTATTAAGCAAACATCATGAATTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131005444
ATGAATTCCGTTGCATCTCTGTACAGAAGATTAAGCATTAGGGATCTGATCTCCAACACGCCTGTTTACAGTTCAGCTACTGATGTATCCGGGGAGGGATTGAGTTTGGTGTTGAGGCGATGGGCTAGCAAGAAAACGGCAGGATCCACGAAAAATGGTCGCGACTCGTTGCCCAAGAATCTCGGGGTCAAGAAATTTGGTGGAGAGAGAGTGATTCCCGGAAACATCATTGTTCGTCAAAGGGGTACGCGTTTCCATCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057788430.1
MNSVASLYRRLSIRDLISNTPVYSSATDVSGEGLSLVLRRWASKKTAGSTKNGRDSLPKNLGVKKFGGERVIPGNIIVRQRGTRFHPGNYVGMGRDHTLYALKEGCVKFERNKLTGRKWIHVEPKEGHELHPVYANMGDAAAAEMKTAA

XP_057788431.1
MNSVASLYRRLSIRDLISNTPVYSSATDVSGEGLSLVLRRWASKKTAGSTKNGRDSLPKNLGVKKFGGERVIPGNIIVRQRGTRFHPGNYVGMGRDHTLYALKEGCVKFERNKLTGRKWIHVEPKEGHELHPVYANMGDAAAAEMKTAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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