Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005079`

染色体: Chr01 坐标: 68666714-68669958 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005079`
名称	SmilChr01G005079
描述	transcription termination factor MTERF2, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68666714 - 68669958 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005351`
GeneID	`131005351`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005351`
原始查询	`SmilChr01G005079`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription termination factor MTERF2, chloroplastic
产物	transcription termination factor MTERF2%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G21710` (EMB2219) Mitochondrial transcription termination factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816708] identity=59.7; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0134700` - identity=58.3; qcov=0.806; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02536 (mTERF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005351

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788256.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057788256.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788256.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788256.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788256.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68666797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B2,C4
`Chr1:68666812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B94,C16,C74
`Chr1:68666840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,C39
`Chr1:68666931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,C82
`Chr1:68666980`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B122,B43,C67,D2
`Chr1:68666980`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B122,B43,C67,D2
`Chr1:68666982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B102,B14,B3
`Chr1:68667167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:68667182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr1:68667198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C38
`Chr1:68667590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B123,B129,B65
`Chr1:68668641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788256.1

655 aa

328

655

mTERF

PF02536 mTERF 284-395 aa PF02536 mTERF 337-602 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788256.1`	Pfam	`PF02536`	mTERF	Family	284	395	5.8e-73	246.3	mTERF
`XP_057788256.1`	Pfam	`PF02536`	mTERF	Family	337	602	5.8e-73	246.3	mTERF

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932273.1
TTATCTGTTAACAGCGAACAAAATGTAGTCAAGTTTATGTCTGAACCAAAACGACATTAGCCAGTATCAGTCCCGCTCTATCCACACTGCAAAAATGCTGGTGTCGCCACCGCACCACCACCACCTCTCCGCCCTCCTCCACCTCCAAGACCGCCGCAATTCCCTCCCACCACCCACCTCCTCCAAGCGCCACATCACCCTCCCCATCTCCTCCTCCTCCTCCCGCCGCCACCAGGCCCTCCCACCCCACGACAACGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005351
ATGCTGGTGTCGCCACCGCACCACCACCACCTCTCCGCCCTCCTCCACCTCCAAGACCGCCGCAATTCCCTCCCACCACCCACCTCCTCCAAGCGCCACATCACCCTCCCCATCTCCTCCTCCTCCTCCCGCCGCCACCAGGCCCTCCCACCCCACGACAACGACGCCGCATCCACCAGCGAAACCCACACTCGCCGCACCCACAACGCCCGCTCCGCCGCCCTCCTCCTCCAACACCTCTCCCCCCAAACCCCAGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788256.1
MLVSPPHHHHLSALLHLQDRRNSLPPPTSSKRHITLPISSSSSRRHQALPPHDNDAASTSETHTRRTHNARSAALLLQHLSPQTPDEEIHETHLPLLKQDKEKLLEISLLGKRTPQFPGSIYANPNTSLVQSVFRKGKPGDADEVDDEMLVRALEIRRKVTAQIFKEAMKRGKFGITYCENLVSTIPEFIDYVMIKAVSMKELPEFSRSSYNIRAEFFIQECRVVPLIRWLKHNSLSYPQIGKLISASKGNLDHLRCVAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器