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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005101

染色体: Chr01 坐标: 68813602-68815717 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005101
名称SmilChr01G005101
描述probable pinoresinol-lariciresinol reductase 3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68813602 - 68815717 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005405
GeneID131005405
locus_tag-
NCBI NameLOC131005405
原始查询SmilChr01G005101

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable pinoresinol-lariciresinol reductase 3
产物probable pinoresinol-lariciresinol reductase 3
ArabidopsisAT4G34540 (AT4G34540)
NmrA-like negative transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829605]
identity=60.7; qcov=0.987; evalue=3.88e-143; confidence=high
RiceOs02g0705000
-
identity=58.8; qcov=0.99; evalue=6.76e-133; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF01370 (Epimerase); PF05368 (NmrA); PF13460 (NAD_binding_10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005405

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788368.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788369.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788368.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788368.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788368.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68813974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C36
Chr1:68813975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:68814180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr1:68814572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr1:68814733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:68815051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B25,B5,C18
Chr1:68815124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:68815357 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 11 B11,B135,B140,B56,B7,B74,B96,C19,C53,C58,C86
Chr1:68815424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B117,D10
Chr1:68815453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B109,B27,B28,B46
Chr1:68815593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C17
Chr1:68815616 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788368.1
327 aa
N
1
164
327
NmrA
Epimerase
NAD_binding_10
C
PF05368 NmrA 5-263 aa PF01370 Epimerase 9-93 aa PF13460 NAD_binding_10 12-206 aa
XP_057788369.1
315 aa
N
1
158
315
NmrA
Epimerase
NAD_binding_10
C
PF05368 NmrA 5-300 aa PF01370 Epimerase 9-93 aa PF13460 NAD_binding_10 12-206 aa
XP_057788370.1
309 aa
N
1
154
309
NmrA
Epimerase
NAD_binding_10
C
PF05368 NmrA 5-305 aa PF01370 Epimerase 9-93 aa PF13460 NAD_binding_10 12-206 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788368.1 Pfam PF05368 NmrA Family 5 263 1.6e-68 232.2 NmrA-like family
XP_057788368.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 9 93 1e-06 29.1 NAD dependent epimerase/dehydratase family
XP_057788368.1 Pfam PF13460 NAD_binding_10 Domain 12 206 7.9e-16 59.2 NAD(P)H-binding
XP_057788369.1 Pfam PF05368 NmrA Family 5 300 1.3e-78 265.3 NmrA-like family
XP_057788369.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 9 93 6.2e-07 29.8 NAD dependent epimerase/dehydratase family
XP_057788369.1 Pfam PF13460 NAD_binding_10 Domain 12 206 7.2e-16 59.3 NAD(P)H-binding
XP_057788370.1 Pfam PF05368 NmrA Family 5 305 8.9e-81 272.5 NmrA-like family
XP_057788370.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 9 93 4.3e-07 30.3 NAD dependent epimerase/dehydratase family
XP_057788370.1 Pfam PF13460 NAD_binding_10 Domain 12 206 6.7e-16 59.4 NAD(P)H-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932387.1
ATCATTTAAACTGAACCTCGTTGTATGCCAATTTTGTATATGGAACATTACTCAAAAAAGGTTTATTTTTTTTGAAACTATTACTCAAAAAAGTTATCGTTAGTCGTTACCTTTTTGGCTTTATCTCCTAATTTGAATCTGTCGTAAGACCATACAACACAGCCATACGCGGCGGCGTAACTCGCCTTCCGCCGCTCTCGCCGTAAACACTATGACGGATAGCAAGAGCAAACTACTAATAATCGGAGTCACAGGCAACC...
XM_057932385.1
TCAAAAAAGGTTTATTTTTTTTGAAACTATTACTCAAAAAAGTTATCGTTAGTCGTTACCTTTTTGGCTTTATCTCCTAATTTGAATCTGTCGTAAGACCATACAACACAGCCATACGCGGCGGCGTAACTCGCCTTCCGCCGCTCTCGCCGTAAACACTATGACGGATAGCAAGAGCAAACTACTAATAATCGGAGTCACAGGCAACCTCGGATTCGAGCTCGCCAACGCCAGCTTGAACGCATCGCATCCAACGCTCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005405
ATGACGGATAGCAAGAGCAAACTACTAATAATCGGAGTCACAGGCAACCTCGGATTCGAGCTCGCCAACGCCAGCTTGAACGCATCGCATCCAACGCTCGGACTTGTCCGCGACTCCGCATTTTCCGATCCCAACAAACTCCACAAAATTCAGCTGCTCTCCGATTCCGGCCTCAAAATTGTTAAAGGCTCGTTGCACGATGAGGAGAGCTTAATTGAAGCCCTAAAGCAAGCCGACGTTGTGATCTGCGCCGTCGCTTC...
LOC131005405
ATGACGGATAGCAAGAGCAAACTACTAATAATCGGAGTCACAGGCAACCTCGGATTCGAGCTCGCCAACGCCAGCTTGAACGCATCGCATCCAACGCTCGGACTTGTCCGCGACTCCGCATTTTCCGATCCCAACAAACTCCACAAAATTCAGCTGCTCTCCGATTCCGGCCTCAAAATTGTTAAAGGCTCGTTGCACGATGAGGAGAGCTTAATTGAAGCCCTAAAGCAAGCCGACGTTGTGATCTGCGCCGTCGCTTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057788368.1
MTDSKSKLLIIGVTGNLGFELANASLNASHPTLGLVRDSAFSDPNKLHKIQLLSDSGLKIVKGSLHDEESLIEALKQADVVICAVASKQVHDQKALISAMKRAGCIKRFIPSEFGSDPDRTRVSHLDHNFYSRKSEIRRLVESQGIPYTYVCCNFYTSYLLPSLVQPGLQAPPRDNVTIFGDGNVRGVFMKESDVAAFTISTVDDPRTLNKTMSLRPPGNTLSMNELVTVWESKIGKKLERNYISEEELLKRIQAMHCRN...
XP_057788369.1
MTDSKSKLLIIGVTGNLGFELANASLNASHPTLGLVRDSAFSDPNKLHKIQLLSDSGLKIVKGSLHDEESLIEALKQADVVICAVASKQVHDQKALISAMKRAGCIKRFIPSEFGSDPDRTRVSHLDHNFYSRKSEIRRLVESQGIPYTYVCCNFYTSYLLPSLVQPGLQAPPRDNVTIFGDGNVRGVFMKESDVAAFTISTVDDPRTLNKTMSLRPPGNTLSMNELVTVWESKIGKKLERNYISEEELLKRIQETPYPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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