Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005104`

染色体: Chr01 坐标: 68833697-68837380 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005104`
名称	SmilChr01G005104
描述	uncharacterized SmilChr01G005104
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68833697 - 68837380 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005354`
GeneID	`131005354`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005354`
原始查询	`SmilChr01G005104`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816133]; symbol=AT2G16365; hit=AT2G16365; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816133]; symbol=AT2G16365; hit=AT2G16365; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G16365` (AT2G16365) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816133] identity=31.6; qcov=0.276; evalue=1.87e-11; confidence=weak
Rice	`Os01g0687300` - identity=28.6; qcov=0.328; evalue=5.3e-10; confidence=low
GO	GO:0010099 (regulation of photomorphogenesis)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005354

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788260.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788260.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788260.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788260.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057788260.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68834645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B5,C18
`Chr1:68834664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B28
`Chr1:68834683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr1:68834722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B138,B69,B88
`Chr1:68834817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,D7
`Chr1:68834908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B28
`Chr1:68834923`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B125,B90,B92,C8
`Chr1:68834941`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,A3,B63
`Chr1:68834942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:68835031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr1:68835042`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:68835087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932277.1
GGCCATTGGCCCCCCCACGAGCTACACCTCGGCTTCGATATAATCCTTTTGACACATCTCTCTCTAATCTCTACGCACGCATCTCTCTCATCTCGCGAGGGCTATATCGTGTTCTCTTTTGTGCTTATCGATCAGTTTTGCTTAGTTGGATCGGTTTACTTCGTTTTGGTTTGCGCGTAGCTTCGGATTCAGCTGCACAAGGAAAACGGTGCAGTGTTCTTCGATTTCGAGAATTCTGTCCAGCACAAGAGGTTCAGATT...

XM_057932279.1
CCCCCCACGAGCTACACCTCGGCTTCGATATAATCCTTTTGACACATCTCTCTCTAATCTCTACGCACGCATCTCTCTCATCTCGCGAGGGCTATATCGTGTTCTCTTTTGTGCTTATCGATCAGTTTTGCTTAGTTGGATCGGTTTACTTCGTTTTGGTTTGCGCGTAGCTTCGGATTCAGCTGCACAAGGAAAACGGTGCAGTGTTCTTCGATTTCGAGAATTCTGTCCAGCACAAGAGATTGCTGAGTCTCAATCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005354
ATGTTGAATGGAGTTGTGCAACCTGTTAATGATGCTATTGAGAGGAGCAGACAAACTGTGCAGCCATACCAATCTCTCTGGCTGGCTCATTGGAAGCGAACAGACTGCGATGCAGCAGGAGATTCCACTAGTCCCAGTGCTTCTCGAAGCGAGGAACTTGACTATGTTGCTAGGAAAGATGGTTTAGCGAAGGGAGTGGAGACTTCTTCGAGGTCTGCCACTGTAGGGTTGACTAAGAAAAGAACGTTTGATATTGGTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057788260.1
MLNGVVQPVNDAIERSRQTVQPYQSLWLAHWKRTDCDAAGDSTSPSASRSEELDYVARKDGLAKGVETSSRSATVGLTKKRTFDIGDDFITIGGRSIGNDRVISSLDDQNTAVLSRLNPLKGSFVESHVSPEEYGIETYKFDKGKAVASVSSSQRSANMRILEHEQCCERRETDLLCERKVGSTSRSNNSSDECLRDSISCDHCLPMINRAWFLKMQKSSGIRLSPSQSNSSEENETTKSHIDSCSHLKLQKCDHGLGTM...

XP_057788262.1
MLNGVVQPVNDAIERSRQTVQPYQSLWLAHWKRTDCDAAGDSTSPSASRSEELDYVARKDGLAKGVETSSRSATVGLTKKRTFDIGDDFITIGGRSIGNDRVISSLDDQNTAVLSRLNPLKGSFVESHVSPEEYGIETYKFDKGKAVASVSSSQRSANMRILEHEQCCERRETDLLCERKVGSTSRSNNSSDECLRDSISCDHCLPMINRAWFLKMQKSSGIRLSPSQSNSSEENETTKSHIDSCSHLKLQKCDHGLGTM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器