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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005114

染色体: Chr01 坐标: 68914499-68919240 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005114
名称SmilChr01G005114
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH12-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68914499 - 68919240 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005358
GeneID131005358
locus_tag-
NCBI NameLOC131005358
原始查询SmilChr01G005114

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH12-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH12-like
ArabidopsisAT4G36490 (SFH12)
SEC14-like 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829801]
identity=55.4; qcov=0.976; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0133200 (OsSNDP3)
-
identity=52.8; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057788265.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057788265.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788265.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788265.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788265.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68915233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr1:68915561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B101,B123
Chr1:68916391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:68916553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B78
Chr1:68916559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:68917661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr1:68917707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr1:68917885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B87
Chr1:68917892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:68917924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C15
Chr1:68918492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B32
Chr1:68918669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788265.1
618 aa
N
1
309
618
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 90-116 aa PF00650 CRAL_TRIO 145-306 aa
XP_057788266.1
618 aa
N
1
309
618
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 90-116 aa PF00650 CRAL_TRIO 145-306 aa
XP_057788267.1
618 aa
N
1
309
618
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 90-116 aa PF00650 CRAL_TRIO 145-306 aa
XP_057788268.1
618 aa
N
1
309
618
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 90-116 aa PF00650 CRAL_TRIO 145-306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788265.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 90 116 1.6e-06 28.9 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057788265.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 145 306 5.2e-31 108.2 CRAL/TRIO domain
XP_057788266.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 90 116 1.6e-06 28.9 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057788266.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 145 306 5.2e-31 108.2 CRAL/TRIO domain
XP_057788267.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 90 116 1.6e-06 28.9 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057788267.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 145 306 5.2e-31 108.2 CRAL/TRIO domain
XP_057788268.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 90 116 1.6e-06 28.9 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057788268.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 145 306 5.2e-31 108.2 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932283.1
GCCTTCCTACAACAACTCTTTCTCTCTCAAGGAAGGAGACCTGTGAAAGAAGCTGCAAAGCCACAAATTTCTCGAGGACAATTCGATTTCTGTTGCTGTCTAACTTGATCAAGCTTGTGAGCTGCAATCGAGATGTCGGGACATTTAGATCGCCCCTCGGATCAAAGCCCCGAGAAGAATGATGTGGATAATCTTGATGATGAGAAGAAAACTAGGATCGGGTCCCTCAAGAAGGCGGCAATCACTGCCTCTAACAAGTT...
XM_057932285.1
CTTCCTACAACAACTCTTTCTCTCTCAAGGAAGGAGACCTGTGAAAGAAATTTCTGTTGCTGTCTAACTTGATCAAGCTTGTGAGCTGCAATCGAGATGTCGGGACATTTAGATCGCCCCTCGGATCAAAGCCCCGAGAAGAATGATGTGGATAATCTTGATGATGAGAAGAAAACTAGGATCGGGTCCCTCAAGAAGGCGGCAATCACTGCCTCTAACAAGTTTAGGGACTCAATTTCTAGAAGGGGCAGGCGGAGCAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131005358
ATGTCGGGACATTTAGATCGCCCCTCGGATCAAAGCCCCGAGAAGAATGATGTGGATAATCTTGATGATGAGAAGAAAACTAGGATCGGGTCCCTCAAGAAGGCGGCAATCACTGCCTCTAACAAGTTTAGGGACTCAATTTCTAGAAGGGGCAGGCGGAGCAGCAGAGTCATGTCCGTTGTGCTCGAGGACGAGCATGATGCTGAGGAGGCGCAGTCCGTGGATGCATTTCGCCAGGCGCTTATTCTAGAGGAGTTACT...
LOC131005358
ATGTCGGGACATTTAGATCGCCCCTCGGATCAAAGCCCCGAGAAGAATGATGTGGATAATCTTGATGATGAGAAGAAAACTAGGATCGGGTCCCTCAAGAAGGCGGCAATCACTGCCTCTAACAAGTTTAGGGACTCAATTTCTAGAAGGGGCAGGCGGAGCAGCAGAGTCATGTCCGTTGTGCTCGAGGACGAGCATGATGCTGAGGAGGCGCAGTCCGTGGATGCATTTCGCCAGGCGCTTATTCTAGAGGAGTTACT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057788265.1
MSGHLDRPSDQSPEKNDVDNLDDEKKTRIGSLKKAAITASNKFRDSISRRGRRSSRVMSVVLEDEHDAEEAQSVDAFRQALILEELLPAKHDDFHLLLRFLKARKFDIDKSKQMWSDMLQWRKDFGSDTIMEDFEFSEKEEVVKYYPQGHHGVDKEGRPVYIERLGMVDSTKLMQVTSMERYLKYHVQEFERTFIDKFPACSISAKKHIDQSTTILDVQGVGLKSFTKSARELVQSLQKIDGDNYPETLFQMYIINAGSG...
XP_057788266.1
MSGHLDRPSDQSPEKNDVDNLDDEKKTRIGSLKKAAITASNKFRDSISRRGRRSSRVMSVVLEDEHDAEEAQSVDAFRQALILEELLPAKHDDFHLLLRFLKARKFDIDKSKQMWSDMLQWRKDFGSDTIMEDFEFSEKEEVVKYYPQGHHGVDKEGRPVYIERLGMVDSTKLMQVTSMERYLKYHVQEFERTFIDKFPACSISAKKHIDQSTTILDVQGVGLKSFTKSARELVQSLQKIDGDNYPETLFQMYIINAGSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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