当前解析结果
SmilChr01G005119| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005119 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005119 |
| 描述 | bZIP transcription factor 44-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 68989112 - 68990596 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005440 |
|---|---|
| GeneID | 131005440 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005440 |
| 原始查询 | SmilChr01G005119 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bZIP transcription factor 44-like |
| 产物 | bZIP transcription factor 44-like |
| Arabidopsis | AT1G75390 (bZIP44)basic leucine-zipper 44 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843875] identity=47.7; qcov=0.945; evalue=6.6e-40; confidence=medium |
| Rice | Os02g0132500 (OsbZIP14)- identity=57.1; qcov=0.555; evalue=1.51e-27; confidence=medium |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005440 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057788425.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788425.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788425.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057788425.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057788425.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:68989896 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B87 |
Chr1:68990158 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr1:68990227 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,C36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788425.1PF07716
bZIP_2 28-78 aa
PF00170
bZIP_1 29-75 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788425.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 28 | 78 | 1.6e-09 | 38.4 | Basic region leucine zipper |
XP_057788425.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 29 | 75 | 4.4e-11 | 43.4 | bZIP transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。