Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005132`

染色体: Chr01 坐标: 69112292-69112935 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005132`
名称	SmilChr01G005132
描述	putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT31
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69112292 - 69112935 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012217`
GeneID	`131012217`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012217`
原始查询	`SmilChr01G005132`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT31
产物	putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT31
Arabidopsis	`AT2G28840` (XBAT31) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817433] identity=85.2; qcov=0.955; evalue=5.12e-77; confidence=high
Rice	`Os05g0112000` (XB3) - identity=79.4; qcov=0.94; evalue=4.41e-62; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF24921 (RING_XB3-XBAT31)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796108.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057796108.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057796108.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796108.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796108.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69112355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796108.1

134 aa

134

RING_XB3-XBAT31

PF24921 RING_XB3-XBAT31 86-126 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796108.1`	Pfam	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	Domain	86	126	2.5e-17	63.4	E3 ubiquitin-protein ligase XB3/XBAT31 RING finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940125.1
AGAGATAGCAAAGGGGCAACACCGTTGCACTTGGCAGCGCGTCAAAGACGCCCTCAATGTGTTCATATATTGTTGGATAATGGAGCCCTCGTCTGTGCTTCGACTGGTGGATATAGCTTTCCTGGTAGTACTCCTCTTCATTTGGCTGCAAGAGGTGGTTCTCTTGATTGCATCAGAGAATTGCTGGCTTGGGGCGCTGATCGACTCCAAAGAGACGCCTCAGGGCGAATACCATATATGGTAGCTTCAAGGCATCGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012217
ATGGTAGCTTCAAGGCATCGCCATGGTGCATGTGCCGCCCTTCTGAACCCTTCGTCAGCAGAGCCTCTTGTTTGGCCATCGCCTTTGAAATTCATCAGTGAACTCAATCAGGAGGCAAAAGCTCTATTAGAACAAGCCTTGATGGAGGCCAACAGAGAAAGAGAAAAAACTATCTTGAAGGGAACTGTTTACTCTCTCCCGTCTCCATCAACATCCGACTCTGATGACAATATATCTGAGGCAAGCGATACAGGTCTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796108.1
MVASRHRHGACAALLNPSSAEPLVWPSPLKFISELNQEAKALLEQALMEANREREKTILKGTVYSLPSPSTSDSDDNISEASDTGLCCICFDQVCTIEVQECGHQMCAQCTLALCCHNKPKPTTSSSTLKRLQL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器