Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005147`

染色体: Chr01 坐标: 69252152-69254473 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005147`
名称	SmilChr01G005147
描述	uncharacterized SmilChr01G005147
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69252152 - 69254473 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005479`
GeneID	`131005479`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005479`
原始查询	`SmilChr01G005147`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788461.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057788461.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057788461.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788461.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788461.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69253185`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	33	A10,A18,A24,A5,A7,B101,B103,B113,B124,B125,B134,B14,B2,B33,B46,B5,B60,B66,B71,B72,B83,B87,C22,C30,C34,C42,C56,C58,C62,C78,D5,D6,D9
`Chr1:69253316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B46,C30,D6
`Chr1:69253347`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	25	A10,A24,A5,A7,B101,B106,B125,B134,B14,B2,B46,B5,B60,B66,B71,B72,B8,C34,C42,C58,C62,C78,D5,D6,D9
`Chr1:69253356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,D5,D6
`Chr1:69253452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr1:69253482`	`GTT`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B122,C45
`Chr1:69253671`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B119
`Chr1:69253671`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B119
`Chr1:69253794`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B20,C17
`Chr1:69253936`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr1:69254032`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr1:69254136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932480.1
TTAATATGTGTGATGATTTCCGCTCCGCCAATCTCGCAACCACACCGCCCCTTCCATCCAATTTCCGGGATGGGCGAGATGGAACGATCGTTTGATGGAGCAGTAGCGCAGAAACTCTACTTTTCAGATAGGGTATGTTTTGTTTGCCGTGTCCTTCCGCGCCTACGTGATCGTGAGTCTGCTGATTTCAAACTCAGAGGTTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAATTAGTTAATGGATCTAACTCTAAGGGGGT...

XM_057932479.1
AATTAAAAAAAAAATCCATACCAAAATTTTAATATGTGTGATGATTTCCGCTCCGCCAATCTCGCAACCACACCGCCCCTTCCATCCAATTTCCGGGATGGGCGAGATGGAACGATCGTTTGATGGAGCAGTAGCGCAGAAACTCTACTTTTCAGATAGGGTATGTTTTGTTTGCCGTGTCCTTCCGCGCCTACGTGATCGTGAGTCTGCTGATTTCAAACTCAGAGGTTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131005479
ATGATTTCCGCTCCGCCAATCTCGCAACCACACCGCCCCTTCCATCCAATTTCCGGGATGGGCGAGATGGAACGATCGTTTGATGGAGCAGTAGCGCAGAAACTCTACTTTTCAGATAGGGTATGTTTTGTTTGCCGTGTCCTTCCGCGCCTACGTGATCGTGAGTCTGCTGATTTCAAACTCAGAGGTTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAATTAGTTAATGGATCTAACTCTAAGGGGGTTTTACACTACAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057788461.1
MISAPPISQPHRPFHPISGMGEMERSFDGAVAQKLYFSDRVCFVCRVLPRLRDRESADFKLRGYLIFVVDLSELVNGSNSKGVLHYNILLNYGLRMSVCGLDSTLYFVESCSTTLTVQTLDVETKHQGLNLKLGADDLGSLPPMLGPKRYALIASIPRTKKILVFSSMFEVFHVADDDFDKYVDFDFEMYDVGTNTWEKLPPLVIRKFKCNGNSMDPSFSLLHGAEVTEIPRNARDRDFRIYKISRYTLIDEDVFLVQLT...

XP_057788462.1
MISAPPISQPHRPFHPISGMGEMERSFDGAVAQKLYFSDRVCFVCRVLPRLRDRESADFKLRGYLIFVVDLSELVNGSNSKGVLHYNILLNYGLRMSVCGLDSTLYFVESCSTTLTVQTLDVETKHQGLNLKLGADDLGSLPPMLGPKRYALIASIPRTKKILVFSSMFEVFHVADDDFDKYVDFDFEMYDVGTNTWEKLPPLVIRKFKCNGNSMDPSFSLLHGAEVTEIPRNARDRDFRIYKISRYTLIDEDVFLVQLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器