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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005153

染色体: Chr01 坐标: 69319088-69323489 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005153
名称SmilChr01G005153
描述D-ribulose kinase
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69319088 - 69323489 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005486
GeneID131005486
locus_tag-
NCBI NameLOC131005486
原始查询SmilChr01G005153

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述D-ribulose kinase
产物D-ribulose kinase
ArabidopsisAT2G21370 (XK-1)
xylulose kinase-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816675]
identity=73; qcov=0.854; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0409200
-
identity=72.4; qcov=0.498; evalue=8.74e-130; confidence=medium
GOGO:0004856 (D-xylulokinase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0005997 (xylulose metabolic process)
KEGGsmil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00370 (FGGY_N); PF02782 (FGGY_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005486

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057788470.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057788470.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788470.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788470.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69319994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:69320018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:69320142 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,C36,C82
Chr1:69320499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B93,C27,D5
Chr1:69320658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C40
Chr1:69320678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr1:69320684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B8
Chr1:69320685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:69320697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,C36,C82
Chr1:69320778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr1:69320780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B108,C23
Chr1:69320814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B4,C36,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788470.1
497 aa
N
1
248
497
FGGY_N
FGGY_C
C
PF00370 FGGY_N 77-306 aa PF02782 FGGY_C 336-492 aa
XP_057788471.1
494 aa
N
1
247
494
FGGY_N
FGGY_C
C
PF00370 FGGY_N 74-303 aa PF02782 FGGY_C 333-489 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788470.1 Pfam PF00370 FGGY_N Domain 77 306 1.4e-07 32.1 FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
XP_057788470.1 Pfam PF02782 FGGY_C Domain 336 492 1.2e-10 42.4 FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
XP_057788471.1 Pfam PF00370 FGGY_N Domain 74 303 1.4e-07 32.1 FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
XP_057788471.1 Pfam PF02782 FGGY_C Domain 333 489 1.1e-10 42.4 FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932487.1
TGGGGAATAAAATGGCGCTGAGATTTTCATTATCCGTAGTTGGAGCATTGCTGAAGAAATGGTGGCCTCACTTTACGGTTGCACTTGCACATGCTCGTTGCTTCTTCACCAGTCTATCTCCCCATCCCCAAAATTTCCTATTGTTTCAGGTAATTGCTATAATGCAAGAAAATCAATTTCAACAACTTCAGCATATAATGCCCTAAATAAAATAGAACCAAGAATCATTAGTGTGAGAGCTGGTAAAGTGAATATGGTTG...
XM_057932488.1
TGGGGAATAAAATGGCGCTGAGATTTTCATTATCCGTAGTTGGAGCATTGCTGAAGAAATGGTGGCCTCACTTTACGGTTGCACTTGCACATGCTCGTTGCTTCTTCACCAGTCTATCTCCCCATCCCCAAAATTTCCTAGTAATTGCTATAATGCAAGAAAATCAATTTCAACAACTTCAGCATATAATGCCCTAAATAAAATAGAACCAAGAATCATTAGTGTGAGAGCTGGTAAAGTGAATATGGTTGATGCTGATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005486
ATGGTGGCCTCACTTTACGGTTGCACTTGCACATGCTCGTTGCTTCTTCACCAGTCTATCTCCCCATCCCCAAAATTTCCTATTGTTTCAGGTAATTGCTATAATGCAAGAAAATCAATTTCAACAACTTCAGCATATAATGCCCTAAATAAAATAGAACCAAGAATCATTAGTGTGAGAGCTGGTAAAGTGAATATGGTTGATGCTGATCTTGAAGAAGGGGAAGAACTGTATCTTGGAATGGATTTTGGCACGTCTGG...
LOC131005486
ATGGTGGCCTCACTTTACGGTTGCACTTGCACATGCTCGTTGCTTCTTCACCAGTCTATCTCCCCATCCCCAAAATTTCCTAGTAATTGCTATAATGCAAGAAAATCAATTTCAACAACTTCAGCATATAATGCCCTAAATAAAATAGAACCAAGAATCATTAGTGTGAGAGCTGGTAAAGTGAATATGGTTGATGCTGATCTTGAAGAAGGGGAAGAACTGTATCTTGGAATGGATTTTGGCACGTCTGGTGCTCGGTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788470.1
MVASLYGCTCTCSLLLHQSISPSPKFPIVSGNCYNARKSISTTSAYNALNKIEPRIISVRAGKVNMVDADLEEGEELYLGMDFGTSGARYALINEEGMIRAEGKREYPLYMSEETVDWVKSWRTTLFSLLEDIPVSLRPSVASISIDGTSATTMIVDSKTGESLCRPFLYNQSCPEALPTVKAIAPANHTVCSGSSTLCKLVSWWSSRETPQTSAVLLHQADWLLWLLHGKIGVSDYNNALKVGYDPEVESYPLWLLSQP...
XP_057788471.1
MVASLYGCTCTCSLLLHQSISPSPKFPSNCYNARKSISTTSAYNALNKIEPRIISVRAGKVNMVDADLEEGEELYLGMDFGTSGARYALINEEGMIRAEGKREYPLYMSEETVDWVKSWRTTLFSLLEDIPVSLRPSVASISIDGTSATTMIVDSKTGESLCRPFLYNQSCPEALPTVKAIAPANHTVCSGSSTLCKLVSWWSSRETPQTSAVLLHQADWLLWLLHGKIGVSDYNNALKVGYDPEVESYPLWLLSQPYAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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