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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005165

染色体: Chr01 坐标: 69428960-69430316 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005165
名称SmilChr01G005165
描述probable carboxylesterase 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69428960 - 69430316 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005498
GeneID131005498
locus_tag-
NCBI NameLOC131005498
原始查询SmilChr01G005165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 2
产物probable carboxylesterase 2
ArabidopsisAT1G47480 (AT1G47480)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841155]
identity=45.4; qcov=0.984; evalue=2.07e-94; confidence=high
RiceOs09g0462100
-
identity=44.2; qcov=1.04; evalue=5.35e-88; confidence=medium
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF00135 (COesterase); PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788485.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788485.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788485.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788485.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788485.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69429288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:69429831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B9
Chr1:69429893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:69429939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:69429976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:69430062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C58
Chr1:69430093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B43,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788485.1
309 aa
N
1
154
309
COesterase
BD-FAE
Abhydrolase_3
C
PF00135 COesterase 53-166 aa PF20434 BD-FAE 57-169 aa PF07859 Abhydrolase_3 72-286 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788485.1 Pfam PF00135 COesterase Domain 53 166 3.3e-10 40.2 Carboxylesterase family
XP_057788485.1 Pfam PF20434 BD-FAE Domain 57 169 4.5e-14 53.2 BD-FAE
XP_057788485.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 72 286 2.3e-45 155.6 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932502.1
TTCATCATAAAGGATCTATTATCTCTTGCATTTTATTCTTGAAGGAGAATACAATATCCTTTTAAGTTGTCTACAACATGTTTTCCAAATTTCCTTAACATTCGTCAAAAAAGAAAAGAAAAATCTTATGTTTAAAGTCAAGCGTTGTTAATTATTGTAATTGGTTTTCTTCTCTCTTTTTAATTTTTTATTCTTAAGAGTCAACAAAAGGTGAATTGCACAAGATATGCTTTGCCAACAAGTTCACATGAATTATTGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005498
ATGGCCAACGAGATACTCCACGACTTCTTCCCTTTGCTTAGAGTCTACAAAAATGGCCGAATCGAGAGGCTAATGGGCCAAGAAACCGTTCCCCCATCTCTCGATCCAGCCACGGGGGTTCAATCCAAAGACGTCGACATCGCGCCGGAGATCAACCTCTCCGCCCGCATCTACCTGCCGCCCAACGCCGACCGGAGCAAAAAGCTCCCCCTTCTCGTCTACTACCACGGCGGCGCCTTCATCATCGAATCCGCCTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788485.1
MANEILHDFFPLLRVYKNGRIERLMGQETVPPSLDPATGVQSKDVDIAPEINLSARIYLPPNADRSKKLPLLVYYHGGAFIIESAFSAQYQKHLNHLVAQANVVAVSVNYRLAPESPLPAAFEDSWRALNWSAEGKEEWIKEFADLNRVYLGGDSAGANIAHNMAMRVGSENPEGFNLRGIFLNCPFFGGVDPIGSETTEQSKRGREFSERLWRFVWPGLRGSDEAWVNPGKDPKISGLGCGKVLVYVAEKDFLKERGWY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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