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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005167

染色体: Chr01 坐标: 69443064-69445316 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005167
名称SmilChr01G005167
描述uncharacterized SmilChr01G005167
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69443064 - 69445316 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005501
GeneID131005501
locus_tag-
NCBI NameLOC131005501
原始查询SmilChr01G005167

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830053]; symbol=AT4G38980; hit=AT4G38980; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830053]; symbol=AT4G38980; hit=AT4G38980; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G38980 (AT4G38980)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830053]
identity=28.5; qcov=1.04; evalue=1.49e-07; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788487.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057788487.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057788487.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788487.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788487.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69444367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B53,B81,C4
Chr1:69444454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:69444553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B18,B83,C39
Chr1:69444559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B12,C58
Chr1:69444668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B32,C2,C37,D10
Chr1:69444705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:69444798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B53,B81,C4
Chr1:69445103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B131,B137,B9,C76
Chr1:69445108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B23,B50
Chr1:69445145 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C72,C82
Chr1:69445145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C72,C82
Chr1:69445162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932504.1
CGGAAACGGAACTCCTTTTTCAAAATTTCCCCGAATTTTTAGACTATTTCAGAAATCAACCAATGCGACGTCGTTTGGGATTTACGCTACACACCATCTTAAACATTTTGACGCCCGTCGGGGATTGAAAATTTTAATTAACTCAGAAACCCTAATTTCAGCGAGGTGGTCTGAGTCTCGCTGCCATCATTTGTCGCTTTAAATTATAAACGCGATTTCTCCTCCAATTTCGCTGCAGTTTCATATCCCGAAATTAATTC...
XM_057932505.1
GGGATTTACGCTACACACCATCTTAAACATTTTGACGCCCGTCGGGGATTGAAAATTTTAATTAACTCAGAAACCCTAATTTCAGCGAGGTGGTCTGAGTCTCGCTGCCATCATTTGTCGCTTTAAATTATAAACGCGATTTCTCCTCCAATTTCGCTGCAGTTTCATATCCCGAAATTAATTCAATCTTTTAACCAAATATTAGAAGAATTTTGAGTCATCTATTCGAGAAGGAAGACAATTTCGGTATATACTCCATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005501
ATGCTTTCGCCAGAAGATGCTGCCTGGGTGGACTCTTGCTTGAGAAAAGACCTCGACATGCTTGAAGATGGTTGGAATTCTCTTAAAGATACATTGTTTGTAGCTCTTAACGCACAACATGATCCTTCTCCGTATGAGAGAGAAGATTCTCCTGAAAGAGCCAATATGGATGTTGTTTCTGATGAGGACCCAGGTGCTGTTATAGATAACCTAGAGGAGGAAACTGTCAACGGTATTGCAGTTGCAGCCGGTGGTGTGGG...
LOC131005501
ATGCTTTCGCCAGAAGATGCTGCCTGGGTGGACTCTTGCTTGAGAAAAGACCTCGACATGCTTGAAGATGGTTGGAATTCTCTTAAAGATACATTGTTTGTAGCTCTTAACGCACAACATGATCCTTCTCCGTATGAGAGAGAAGATTCTCCTGAAAGAGCCAATATGGATGTTGTTTCTGATGAGGACCCAGGTGCTGTTATAGATAACCTAGAGGAGGAAACTGTCAACGGTATTGCAGTTGCAGCCGGTGGTGTGGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057788487.1
MLSPEDAAWVDSCLRKDLDMLEDGWNSLKDTLFVALNAQHDPSPYEREDSPERANMDVVSDEDPGAVIDNLEEETVNGIAVAAGGVGADSGLQIQSPRYDFDKTLLPSRYDFDKTLLPRLSKLMQIHYSRGRNDIHNSEITPLSIADTSDRAEPSSDGVSNHEDVDADPFWSKHKMEDIFLPTYDEKLKDLRLSDPEVDFVFQESKSEQSTDDIFKIWDLDGTPEENDLVNQLNRALAGNPAPPFLDDSGAGSVDDLVSG...
XP_057788488.1
MLSPEDAAWVDSCLRKDLDMLEDGWNSLKDTLFVALNAQHDPSPYEREDSPERANMDVVSDEDPGAVIDNLEEETVNGIAVAAGGVGADSGLQIQSPRYDFDKTLLPSRYDFDKTLLPRLSKLMQIHYSRGRNDIHNSEITPLSIADTSDRAEPSSDGVSNHEDVDADPFWSKHKMEDIFLPTYDEKLKDLRLSDPEVDFVFQESKSEQSTDDIFKIWDLDGTPEENDLVNQLNRALAGNPAPPFLDDSGAGSVDDLVSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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