Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005168`

染色体: Chr01 坐标: 69445743-69449104 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005168`
名称	SmilChr01G005168
描述	B-box zinc finger protein 19-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69445743 - 69449104 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005502`
GeneID	`131005502`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005502`
原始查询	`SmilChr01G005168`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	B-box zinc finger protein 19-like
产物	B-box zinc finger protein 19-like
Arabidopsis	`AT4G38960` (BBX19) B-box type zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830051] identity=57.2; qcov=1; evalue=6.54e-80; confidence=high
Rice	`Os09g0527900` (OsBBX29) - identity=59.9; qcov=1.01; evalue=4.14e-87; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009640 (photomorphogenesis)
KEGG	-
Pfam	PF00643 (zf-B_box)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005502

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057788491.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057788491.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057788491.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788491.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788491.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69446817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr1:69446856`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B4,B53,B81,C4
`Chr1:69447086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr1:69447158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C72,C82
`Chr1:69447165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr1:69447187`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788491.1

214 aa

107

214

zf-B_box

PF00643 zf-B_box 3-34 aa PF00643 zf-B_box 52-85 aa

XP_057788492.1

214 aa

107

214

zf-B_box

PF00643 zf-B_box 3-34 aa PF00643 zf-B_box 52-85 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788491.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	3	34	7e-13	49.2	B-box zinc finger
`XP_057788491.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	52	85	7e-13	49.2	B-box zinc finger
`XP_057788492.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	3	34	7e-13	49.2	B-box zinc finger
`XP_057788492.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	52	85	7e-13	49.2	B-box zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932509.1
GGGAACATAAAAATCTCAAATGTATTTGCAACTAAAAATGTATACCATAAATTACTTGAATAAATATATATTATCTTTTGTCTATGGTTCATTTTTTTTTTGTCTCATTAATAATCATTCAGTCTAAAAAAGAAAATTGCTTAATCTCACAAAAAATTACGCGTTCCATTATTTTTTTACACTTTTATCTTTTAATTATTTCTTTCTTAATAGCTGTGATGAACAGTAATAAATCATTATTTGACGAGACTGAAGATCTC...

XM_057932508.1
GGGAACATAAAAATCTCAAATGTATTTGCAACTAAAAATGTATACCATAAATTACTTGAATAAATATATATTATCTTTTGTCTATGGTTCATTTTTTTTTTGTCTCATTAATAATCATTCAGTCTAAAAAAGAAAATTGCTTAATCTCACAAAAAATTACGCGTTCCATTATTTTTTTACACTTTTATCTTTTAATTATTTCTTTCTTAATAGCTGTGATGAACAGTAATAAATCATTATTTGACGAGACTGAAGATCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005502
ATGAGAACTCTGTGCGACGTCTGCGAGAGCGCGGCGGCGATTTTGTTCTGCGCCGCCGATGAGGCGTCGCTCTGCCGCGCTTGTGATGATAAGGTTCACATGTGTAACAAGCTTGCTAGTAGGCACGTACGAGTTGGACTAGCCGAGCCCAGTGAAGTCCCGCGTTGTGACATATGTGAGAACGCACCTGCTTTCTTTTATTGTGAGGTCGATGGAACTTCCCTTTGTCTGCAATGCGATATGATTGTCCACGTTGGTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057788491.1
MRTLCDVCESAAAILFCAADEASLCRACDDKVHMCNKLASRHVRVGLAEPSEVPRCDICENAPAFFYCEVDGTSLCLQCDMIVHVGGKRTHGRYLLLRQRVEFPGDKPGSGSSGEPGSQRLSPGEAKREPSHTTSPLRGNKGVQNHRVSADLTPDNNTENDGNMENMFIDLNSRPQRMPGQAPTYQGRGDGLGDNSHQSEGVVPNGYFKREPEK

XP_057788492.1
MRTLCDVCESAAAILFCAADEASLCRACDDKVHMCNKLASRHVRVGLAEPSEVPRCDICENAPAFFYCEVDGTSLCLQCDMIVHVGGKRTHGRYLLLRQRVEFPGDKPGSGSSGEPGSQRLSPGEAKREPSHTTSPLRGNKGVQNHRVSADLTPDNNTENDGNMENMFIDLNSRPQRMPGQAPTYQGRGDGLGDNSHQSEGVVPNGYFKREPEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器