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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005169

染色体: Chr01 坐标: 69460115-69467600 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005169
名称SmilChr01G005169
描述kinesin-like protein KIN-7F
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69460115 - 69467600 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005503
GeneID131005503
locus_tag-
NCBI NameLOC131005503
原始查询SmilChr01G005169

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-7F
产物kinesin-like protein KIN-7F
ArabidopsisAT2G21300 (AT2G21300)
ATP binding microtubule motor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816669]
identity=52.2; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0538800 (KIN7F)
-
identity=52.1; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGGsmil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00225 (Kinesin); PF11995 (DUF3490); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005503

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057788493.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 1.00000 XP_057788493.1
3 Spindle Spindle 0.40000 XP_057788493.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057788493.1
5 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057788493.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69463345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C27
Chr1:69463398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B122,B65
Chr1:69463978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:69464011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:69464209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:69465244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B63,C32,C68
Chr1:69465333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:69465430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:69465466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B63,C32,C68
Chr1:69465596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B131,B137,B9,C76
Chr1:69465598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:69465698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B4,B53,B81,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788493.1
898 aa
N
1
449
898
Microtub_bd
Kinesin
DUF3490
C
PF16796 Microtub_bd 25-162 aa PF00225 Kinesin 31-347 aa PF11995 DUF3490 721-880 aa
XP_057788494.1
898 aa
N
1
449
898
Microtub_bd
Kinesin
DUF3490
C
PF16796 Microtub_bd 25-162 aa PF00225 Kinesin 31-347 aa PF11995 DUF3490 721-880 aa
XP_057788495.1
898 aa
N
1
449
898
Microtub_bd
Kinesin
DUF3490
C
PF16796 Microtub_bd 25-162 aa PF00225 Kinesin 31-347 aa PF11995 DUF3490 721-880 aa
XP_057788496.1
898 aa
N
1
449
898
Microtub_bd
Kinesin
DUF3490
C
PF16796 Microtub_bd 25-162 aa PF00225 Kinesin 31-347 aa PF11995 DUF3490 721-880 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788493.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 25 162 1.6e-19 71.1 Microtubule binding
XP_057788493.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 31 347 8.9e-97 324.7 Kinesin motor domain
XP_057788493.1 Pfam PF11995 DUF3490 Family 721 880 2.5e-66 223.1 Domain of unknown function (DUF3490)
XP_057788494.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 25 162 1.6e-19 71.1 Microtubule binding
XP_057788494.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 31 347 8.9e-97 324.7 Kinesin motor domain
XP_057788494.1 Pfam PF11995 DUF3490 Family 721 880 2.5e-66 223.1 Domain of unknown function (DUF3490)
XP_057788495.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 25 162 1.6e-19 71.1 Microtubule binding
XP_057788495.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 31 347 8.9e-97 324.7 Kinesin motor domain
XP_057788495.1 Pfam PF11995 DUF3490 Family 721 880 2.5e-66 223.1 Domain of unknown function (DUF3490)
XP_057788496.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 25 162 1.6e-19 71.1 Microtubule binding
XP_057788496.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 31 347 8.9e-97 324.7 Kinesin motor domain
XP_057788496.1 Pfam PF11995 DUF3490 Family 721 880 2.5e-66 223.1 Domain of unknown function (DUF3490)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932510.1
CAGGGTTTATTAAAAATCTGATATCTATATATCTTTCTCAAATAAAACATACTAAAAAAATTCTGTTGAATATCCAATCATCGTATAGAAACGGAACACACACCACAACGGTAAAGTGATTTTAAGTAGTAGAAAACACAGCCGTTGTCGCTGGTCCCGTATTCTACGCAGGATTCAATACGCTTCACGGACGACGCCCACGTGGCCACGTGCTTCTTTCTCCCACGCATTCTATTTCTTCAAACCGGCCAAGGGCACAA...
XM_057932513.1
CAGGGTTTATTAAAAATCTGATATCTATATATCTTTCTCAAATAAAACATACTAAAAAAATTCTGTTGAATATCCAATCATCGTATAGAAACGGAACACACACCACAACGGTAAAGTGATTTTAAGTAGTAGAAAACACAGCCGTTGTCGCTGGTCCCGTATTCTACGCAGGATTCAATACGCTTCACGGACGACGCCCACGTGGCCACGTGCTTCTTTCTCCCACGCATTCTATTTCTTCAAACCGGCCAAGGGCACAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131005503
ATGGGGGCTATTGGTGCTGAAGAGTTGATGAATTGGGAGAAAATGCAGGGTATTGGGAATGGAAAGGAAGAGAAGATATTGGTACTGGTGAGGTTAAGGCCATTGAGTGAAAAGGAGAGTGCAAGGGCTGAAGTTTCAGACTGGGAATGCATCAACTCAACCACCATTTTGTACCGGAACAGCCTTCGGGAGCGCTCTGGACTACCGACAGCTTACTCATTTGATAGAGTATTTCGAGGTGACTGCACAACAAGGGAAGT...
LOC131005503
ATGGGGGCTATTGGTGCTGAAGAGTTGATGAATTGGGAGAAAATGCAGGGTATTGGGAATGGAAAGGAAGAGAAGATATTGGTACTGGTGAGGTTAAGGCCATTGAGTGAAAAGGAGAGTGCAAGGGCTGAAGTTTCAGACTGGGAATGCATCAACTCAACCACCATTTTGTACCGGAACAGCCTTCGGGAGCGCTCTGGACTACCGACAGCTTACTCATTTGATAGAGTATTTCGAGGTGACTGCACAACAAGGGAAGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057788493.1
MGAIGAEELMNWEKMQGIGNGKEEKILVLVRLRPLSEKESARAEVSDWECINSTTILYRNSLRERSGLPTAYSFDRVFRGDCTTREVYDEGTKDIALSVVGGINSTIFAYGQTSSGKTYTMNGITDYAVADIYDYIRKHEERAFVLKFSAIEIYNEVVRDLLSTDNSPLRLLDDPERGTIIEKLTEETLRDRNHLKELLSICEAQRQIGETLLNETSSRSHQILRLTIESSAREFLGKGNSTTLAASVNFVDLAGSERAS...
XP_057788494.1
MGAIGAEELMNWEKMQGIGNGKEEKILVLVRLRPLSEKESARAEVSDWECINSTTILYRNSLRERSGLPTAYSFDRVFRGDCTTREVYDEGTKDIALSVVGGINSTIFAYGQTSSGKTYTMNGITDYAVADIYDYIRKHEERAFVLKFSAIEIYNEVVRDLLSTDNSPLRLLDDPERGTIIEKLTEETLRDRNHLKELLSICEAQRQIGETLLNETSSRSHQILRLTIESSAREFLGKGNSTTLAASVNFVDLAGSERAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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