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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005178`

染色体: Chr01 坐标: 69512361-69515659 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005178`
名称	SmilChr01G005178
描述	triosephosphate isomerase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69512361 - 69515659 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005513`
GeneID	`131005513`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005513`
原始查询	`SmilChr01G005178`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	triosephosphate isomerase, chloroplastic
产物	triosephosphate isomerase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G21170` (TIM) triosephosphate isomerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816652] identity=81.2; qcov=0.95; evalue=1.08e-178; confidence=high
Rice	`Os09g0535000` (P0569E11.2-1) - identity=80.5; qcov=0.85; evalue=3.13e-167; confidence=high
GO	GO:0004807 (triose-phosphate isomerase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006094 (gluconeogenesis); GO:0006096 (glycolytic process); GO:0019563 (glycerol catabolic process); GO:0046166 (glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process)
KEGG	smil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00121 (TIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005513

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788506.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057788506.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788506.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788506.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788506.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69512537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:69513411`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:69513605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr1:69513608`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:69514026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,D5
`Chr1:69515509`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B28
`Chr1:69515509`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B28
`Chr1:69515551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788506.1

320 aa

160

320

TIM

PF00121 TIM 72-312 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788506.1`	Pfam	`PF00121`	TIM	Domain	72	312	9.4e-93	310.9	Triosephosphate isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932523.1
GGCAAATTTCTGTATCCAGATATAGAGAGAGAGATAATACCGAGTTCACTCACCCACAGTCCACTACAAGCACCCAAAAATGGCGGTCGTCTCCACTTCTCTCGCCGGCGCCGGCGCTGTCACCAGCCAGCTCACTCACTTCTCCGGCCTCCGAAAATCCTTCCTCAAGCTCGACACCTCCAGCGCCAACTCTACGCACTCGTTTTTCCAGAGCGTCGACTCGCACATCCGCCTCACATCCTCCGGTAAAGCATGCCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005513
ATGGCGGTCGTCTCCACTTCTCTCGCCGGCGCCGGCGCTGTCACCAGCCAGCTCACTCACTTCTCCGGCCTCCGAAAATCCTTCCTCAAGCTCGACACCTCCAGCGCCAACTCTACGCACTCGTTTTTCCAGAGCGTCGACTCGCACATCCGCCTCACATCCTCCGGTAAAGCATGCCGCGGCGTCGTCGCGATGGCAGGCACCGGAAAGTTCTTTGTTGGTGGGAATTGGAAATGTAATGGGACCAAAGAGTCCATCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788506.1
MAVVSTSLAGAGAVTSQLTHFSGLRKSFLKLDTSSANSTHSFFQSVDSHIRLTSSGKACRGVVAMAGTGKFFVGGNWKCNGTKESISKLVSDLNSATLESDVDVVVSPPFVYIDQVKNSLTDRIEIAAQNCWIGKGGAFTGEISVEQLKDLGCKWVVLGHSERRHVIGEDDQFIGKKAAYAVSQGVGVIACIGELLEEREAGKTFDVCFKQLKAYADAVSSWDNIVIAYEPVWAIGTGKVASPEQAQEVHAAVRNWLSKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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