Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005186`

染色体: Chr01 坐标: 69570717-69574197 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005186`
名称	SmilChr01G005186
描述	arginine decarboxylase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69570717 - 69574197 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005522`
GeneID	`131005522`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005522`
原始查询	`SmilChr01G005186`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	arginine decarboxylase-like
产物	arginine decarboxylase-like
Arabidopsis	`AT4G34710` (ADC2) arginine decarboxylase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829623] identity=71.1; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0131300` (ADC1) - identity=66.5; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006527 (L-arginine catabolic process); GO:0008295 (spermidine biosynthetic process); GO:0008792 (arginine decarboxylase activity)
KEGG	smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02784 (Orn_Arg_deC_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005522

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057788520.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057788520.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057788520.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788520.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788520.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69571823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A18,A21,B114,B2,B28,B79,B82,B98,C77,C87,D11,D5
`Chr1:69571840`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	A18,A21,B114,B2,B28,B79,B82,B98,C77,C87,D11,D5
`Chr1:69572056`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A18,A21,B114,B2,B28,B62,B79,B82,B98,C18,C77,C87,D5
`Chr1:69572122`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B98,C18,C87
`Chr1:69572211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B86,B9,C14,C33
`Chr1:69572292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B86,B9,C14,C33
`Chr1:69572583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B86,B9,C14,C33
`Chr1:69572640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C78,C9
`Chr1:69572872`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,C11,C69,D11
`Chr1:69572883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr1:69573375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C8,C82
`Chr1:69573429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788520.1

714 aa

357

714

Orn_Arg_deC_N

PF02784 Orn_Arg_deC_N 138-391 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788520.1`	Pfam	`PF02784`	Orn_Arg_deC_N	Domain	138	391	2.6e-37	129.2	Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932537.1
CAAAACACATGAGCTAGTGAGGAAGGAAGCCTCGTGAGAAAGAGCAATTCATCTTTCTTTCTTTGAACCTACAATAACGTAGGTAGGTCCCACAAAATTGCCGACACGCGGCCACTCGAAGCTGATTTTAGCCTCCGTAAAAGAATCTCGCACCCACCGAATTTTCAATACCCCACCAAATTATAATTAAAATCAAATTATATTCCCCAAAACAAAGATATAACTCCGAAAATAATAAAGTATTAGTATTTCACAAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005522
ATGCCTGCCCTCGCTTGCTGCGTAGATGCTGCCGTTTCTCCTCCTCCCTACGCCTTTGCCAGCTGGGATAGCACTCTTCCCGAAATTCCGCCGCCAGCCACCGCCGCGGCGCCCTCGCCGTGGACGCCCGACCACTCGGCGCTTCTGTACCGCGTCGACGGATGGGGCGCACCGTACTTCACGGTCAATTCTAACGGCGACGTTGCTGTCCGTCCCCATGGCGCCAGCACCCTGGACCACCAGGAAATCGATCTTCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788520.1
MPALACCVDAAVSPPPYAFASWDSTLPEIPPPATAAAPSPWTPDHSALLYRVDGWGAPYFTVNSNGDVAVRPHGASTLDHQEIDLLKVVKKASDPKSSGGLGLQLPLIVRFPDILKDRLESLQSAFDFAIQSQGYDAHYQGVYPVKCNQDKFVVEDIVNFGSGFRFGLEAGSKPELLLAMSSLCNGSPEALLVCNGFKDVEYIALALVARKLHLNSVIVLEQEEELDIVIDVSKKLGVRPVIGLRAKLRTKHSGHFGSTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器