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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005194

染色体: Chr01 坐标: 69627145-69631952 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005194
名称SmilChr01G005194
描述uncharacterized SmilChr01G005194
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69627145 - 69631952 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005526
GeneID131005526
locus_tag-
NCBI NameLOC131005526
原始查询SmilChr01G005194

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830036]; symbol=AT4G38810; hit=AT4G38810; species=arabidopsis; confidence=high
产物Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830036]; symbol=AT4G38810; hit=AT4G38810; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G38810 (AT4G38810)
Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830036]
identity=65.2; qcov=0.992; evalue=8.88e-167; confidence=high
RiceOs10g0177200 (OsDSR-1)
-
identity=58.1; qcov=0.964; evalue=7.09e-145; confidence=high
GOGO:0005509 (calcium ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005526

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788524.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057788524.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788524.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788524.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788524.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69627405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C82
Chr1:69627447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B130,B4,C23,C84
Chr1:69627450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B130,B4,C23,C84
Chr1:69627462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr1:69627474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:69627483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B63,C15,C21
Chr1:69627507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B32
Chr1:69627531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:69627589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,B72
Chr1:69627592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:69628857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B82,C49
Chr1:69629130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932541.1
GTAAATGAGTAGGTAATAATTAAACTTGCAAAGAAAAATTGCCATCAAAGAAGAATTAATGGACAAGTACTCACAACCACTAATTCCACCTCCATTTCTAAGCAATATACTAATTACTCTTTCGGTTCTTCCCTCGTCATTTCCCTAAATATCTCCTACTAAGGAATTTTTGTTTTAGGATAATTATGCATAAATATATAAATTAAAAATCAACCTCTAATAATATAGACTTTCAATAATTTTAATTTTTAACACAATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005526
ATGAAGGCGGAGGAGGTGATGGACGGCTCCGATATAATGGAGTTGGTTGAGAACGACAAGGTCTTCTCTAACTTTGTTGATCACAAGTTTCAAGAGCTCGACGCCGATTGCGACGGTAAGCTCTCCCTCAACGAGCTCCAGCCCGCCGTCGACGACATCGGCGCCGCCCTTGGCTTGCCCGCCCACGGCGCCTCCCCTGAATCCGACCATATTTACTCCGAGGTTCTCAACGAATTCACACATGGTAAACAAGAAAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788524.1
MKAEEVMDGSDIMELVENDKVFSNFVDHKFQELDADCDGKLSLNELQPAVDDIGAALGLPAHGASPESDHIYSEVLNEFTHGKQEKISKIQFKEVLSDILLGMAAGLKRDPVVILRIDGEDLHEFVNGPTFEPEIISLFSEIDLPGGSLRDYIIKAFEKLSVDQGVPPATDPWVLTNILEPALERSGDSLNETVSQETFLAEFRRASENVACLLKEQPAIVAHSQNTFDGSGIRRLLSNKFELDKALDSVLKSVPRDRHG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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