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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005195

染色体: Chr01 坐标: 69636017-69645047 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005195
名称SmilChr01G005195
描述pentatricopeptide repeat-containing protein MRL1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69636017 - 69645047 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005531
GeneID131005531
locus_tag-
NCBI NameLOC131005531
原始查询SmilChr01G005195

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein MRL1, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein MRL1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G34830 (MRL1)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829635]
identity=47.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0181200
-
identity=59.4; qcov=0.635; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24); PF29032 (MRL1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005531

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057788526.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057788526.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057788526.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788526.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788526.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69636169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:69636188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:69636271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B52
Chr1:69636346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr1:69636367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C11,C69
Chr1:69636371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:69636390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C82
Chr1:69636409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B13,B36,B93,C17
Chr1:69636443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B9
Chr1:69637817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:69637819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:69637907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788526.1
1093 aa
N
1
546
1093
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
TPR_24
PPR_long
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
MRL1_C
C
PF01535 PPR 414-434 aa PF17177 PPR_long 471-603 aa PF13812 PPR_3 494-550 aa PF13041 PPR_2 507-552 aa PF01535 PPR 508-536 aa PF23276 TPR_24 512-637 aa PF01535 PPR 542-570 aa PF17177 PPR_long 547-696 aa PF13812 PPR_3 568-622 aa PF12854 PPR_1 569-602 aa PF13041 PPR_2 573-623 aa PF01535 PPR 576-602 aa PF01535 PPR 613-640 aa PF23276 TPR_24 631-743 aa PF17177 PPR_long 647-799 aa PF01535 PPR 650-678 aa PF13812 PPR_3 668-728 aa PF01535 PPR 686-712 aa PF01535 PPR 718-747 aa PF13812 PPR_3 739-795 aa PF13041 PPR_2 750-794 aa PF01535 PPR 755-782 aa PF29032 MRL1_C 984-1055 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 414 434 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 471 603 4e-42 144.7 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057788526.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 494 550 2.8e-42 143.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788526.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 507 552 6.1e-61 203.1 PPR repeat family
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 508 536 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 512 637 4.5e-30 105.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 542 570 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 547 696 4e-42 144.7 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057788526.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 568 622 2.8e-42 143.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788526.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 569 602 2.4e-34 117.4 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 573 623 6.1e-61 203.1 PPR repeat family
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 576 602 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 613 640 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 631 743 4.5e-30 105.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788526.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 647 799 4e-42 144.7 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 650 678 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 668 728 2.8e-42 143.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 686 712 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 718 747 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 739 795 2.8e-42 143.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788526.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 750 794 6.1e-61 203.1 PPR repeat family
XP_057788526.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 755 782 8.4e-52 170.6 PPR repeat
XP_057788526.1 Pfam PF29032 MRL1_C Domain 984 1055 1.2e-32 112.3 MRL1, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932543.1
GTACAGAACTGTAAAACGGCACACATCATCGTTGCTACTTGCAACCGTCAATTTATGAGCTCCGCTCGTCCACTTCCACTCTATCCTCAAATGTATAGAAATAAAACACCCAATCTCCATACAAACCCTCTCCCTCTCTAGAAATCAATGGAGTCGAGCTTATCTCTGGCTCCGCAATCAATTTCCTTAATCACATGCTCTCCTGTGTTTTTGCCTCTTTCTTCTCGCGCCGTCGGACTCCTCCGCAACGAGTTCATCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005531
ATGGAGTCGAGCTTATCTCTGGCTCCGCAATCAATTTCCTTAATCACATGCTCTCCTGTGTTTTTGCCTCTTTCTTCTCGCGCCGTCGGACTCCTCCGCAACGAGTTCATCGGAGGCGGCCGCAATCTCCGGTTGCCGCGGAGGAGATGCAGGAAATTGCGGTCGAAATCGGAGTCTAATTACTGTAAGTCTCTCTTCAGAGCGTCGCTGGACTCGCAGGCGATTGCCGTTGTGGCCGCCGCAGTCGCCACCGTCTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788526.1
MESSLSLAPQSISLITCSPVFLPLSSRAVGLLRNEFIGGGRNLRLPRRRCRKLRSKSESNYCKSLFRASLDSQAIAVVAAAVATVSAAAVVYLAYTRKQLDIKQMSGRLTLALAEQIRSMTRWILTDAEQLGLRKKESVDRNQYYMKETRENNGADIKFGETNVIPGGALVVEAPEEFQLNIIAPAVNGCLTSLASEVLEISSSVPSALPEYDVPPFVDDEVCEVHPNAHELSHYELSVPVTQTNLGGCASLADQMREEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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