Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005198

染色体: Chr01 坐标: 69666107-69666686 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005198
名称SmilChr01G005198
描述auxin-induced protein 15A-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69666107 - 69666686 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005532
GeneID131005532
locus_tag-
NCBI NameLOC131005532
原始查询SmilChr01G005198

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-induced protein 15A-like
产物auxin-induced protein 15A-like
ArabidopsisAT4G34770 (AT4G34770)
SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829629]
identity=55.5; qcov=1.01; evalue=7.36e-39; confidence=medium
RiceOs08g0118800 (OsSAUR32)
-
identity=58.6; qcov=0.642; evalue=2.14e-22; confidence=medium
GOGO:0009733 (response to auxin)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02519 (Auxin_inducible)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788527.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788527.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057788527.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788527.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788527.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69666486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B5
Chr1:69666574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:69666609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr1:69666622 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 38 A21,B101,B108,B114,B125,B128,B13,B130,B131,B136,B140,B2,B22,B36,B66,B78,B83,B89,B90,B92,B93,C1,C11,C17,C22,C23,C26,C31,C39,C59,C60,C69,C8,C80,C82,D11,D3,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788527.1
109 aa
N
1
54
109
Auxin_inducible
C
PF02519 Auxin_inducible 22-107 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788527.1 Pfam PF02519 Auxin_inducible Domain 22 107 3.4e-25 88.8 Auxin responsive protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932544.1
TCGCGTCTCATTCACATCATCCATAACTCGAAGAAGAAAAAAAAATAAAAATTAAAAAAAAAAATGGGAATCAAGCTGGCAGGAATAGCTCATGCAAAGAAGAAACTTTGCAGAACAATCTCATCATCATCATCATCATTCAAGAATGGAAGCTTCTTCTTCCAAATCCAGCCATGCATCGACGTTCCAAAAGGGCATTTCGCAGTGTACGTGGGCGAATCACGGAGGCGATTCGTCGTCCCAATATCCTACTTGAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005532
ATGGGAATCAAGCTGGCAGGAATAGCTCATGCAAAGAAGAAACTTTGCAGAACAATCTCATCATCATCATCATCATTCAAGAATGGAAGCTTCTTCTTCCAAATCCAGCCATGCATCGACGTTCCAAAAGGGCATTTCGCAGTGTACGTGGGCGAATCACGGAGGCGATTCGTCGTCCCAATATCCTACTTGAATCAGCCATTGTTTAAGGAGCTGTTGCATTTGGCTGAGGAGGAGTTTGGATATGATCATCCCACGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788527.1
MGIKLAGIAHAKKKLCRTISSSSSSFKNGSFFFQIQPCIDVPKGHFAVYVGESRRRFVVPISYLNQPLFKELLHLAEEEFGYDHPTGGLVLPCTEDYFLSLTTLFSSSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器