当前解析结果
SmilChr01G005212| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005212 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005212 |
| 描述 | auxin-responsive protein SAUR21-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 69740559 - 69741209 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005545 |
|---|---|
| GeneID | 131005545 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005545 |
| 原始查询 | SmilChr01G005212 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-responsive protein SAUR21-like |
| 产物 | auxin-responsive protein SAUR21-like |
| Arabidopsis | AT4G34810 (AT4G34810)SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829633] identity=63.7; qcov=0.545; evalue=3.79e-35; confidence=medium |
| Rice | Os08g0118500 (OsSAUR31)- identity=58.2; qcov=0.401; evalue=4.04e-19; confidence=low |
| GO | GO:0009733 (response to auxin) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02519 (Auxin_inducible) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005545 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057788540.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057788540.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788540.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788540.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057788540.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:69740666 |
C |
CCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 91 | A1,A11,A14,A16,A2,A3,A5,A9,B1,B100,B105,B107,B112,B114,B115,B121,B124,B127,B128,B13,B130,B134,B136,B138,B14,B20,B30,B33,B42,B44,B45,B46,B48,B53,B59,B60,B61,B64,B65,B68,B69,B7,B71,B75,B76,B77,B79,B8,B83,B85,B88,B97,B98,C10,C11,C13,C17,C20,C26,C27,C29,C31,C32,C36,C37,C39,C42,C45,C47,C48,C54,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C67,C68,C69,C71,C73,C74,C78,C80,C84,C85,C87,D3,D5,D8 |
Chr1:69740690 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr1:69740809 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A22 |
Chr1:69740860 |
CTG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B45 |
Chr1:69740860 |
CTG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B45 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788540.1PF02519
Auxin_inducible 89-165 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788540.1 |
Pfam | PF02519 |
Auxin_inducible | Domain | 89 | 165 | 1.4e-22 | 80.4 | Auxin responsive protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。