Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005212

染色体: Chr01 坐标: 69740559-69741209 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005212
名称SmilChr01G005212
描述auxin-responsive protein SAUR21-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69740559 - 69741209 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005545
GeneID131005545
locus_tag-
NCBI NameLOC131005545
原始查询SmilChr01G005212

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-responsive protein SAUR21-like
产物auxin-responsive protein SAUR21-like
ArabidopsisAT4G34810 (AT4G34810)
SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829633]
identity=63.7; qcov=0.545; evalue=3.79e-35; confidence=medium
RiceOs08g0118500 (OsSAUR31)
-
identity=58.2; qcov=0.401; evalue=4.04e-19; confidence=low
GOGO:0009733 (response to auxin)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02519 (Auxin_inducible)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005545

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788540.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788540.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788540.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788540.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788540.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69740666 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 91 A1,A11,A14,A16,A2,A3,A5,A9,B1,B100,B105,B107,B112,B114,B115,B121,B124,B127,B128,B13,B130,B134,B136,B138,B14,B20,B30,B33,B42,B44,B45,B46,B48,B53,B59,B60,B61,B64,B65,B68,B69,B7,B71,B75,B76,B77,B79,B8,B83,B85,B88,B97,B98,C10,C11,C13,C17,C20,C26,C27,C29,C31,C32,C36,C37,C39,C42,C45,C47,C48,C54,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C67,C68,C69,C71,C73,C74,C78,C80,C84,C85,C87,D3,D5,D8
Chr1:69740690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr1:69740809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:69740860 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B45
Chr1:69740860 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788540.1
167 aa
N
1
84
167
Auxin_inducible
C
PF02519 Auxin_inducible 89-165 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788540.1 Pfam PF02519 Auxin_inducible Domain 89 165 1.4e-22 80.4 Auxin responsive protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932557.1
ATGTGATTTCTCATGTGCTTGTGTTTTTCCAAGTTTCATAGCCATCACACATCCATTTTGTGGTTGCTGCTAATCAAACTTTATAGGGATTCAACATTGCTTGTTCACCTCTCTATATATACAACATATTTCCAAACCACAACCATCAACAAATATTCAAAATTCTATAGTTTTTTACTTTCGTTTTCTATCACAAGAAATCTGCAAAAAGAGTATTTGTTTCACTTGAGAAAGATCCTTATTCATACAACAATGGCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005545
ATGTGCTTGTGTTTTTCCAAGTTTCATAGCCATCACACATCCATTTTGTGGTTGCTGCTAATCAAACTTTATAGGGATTCAACATTGCTTGTTCACCTCTCTATATATACAACATATTTCCAAACCACAACCATCAACAAATATTCAAAATTCTATAGTTTTTTACTTTCGTTTTCTATCACAAGAAATCTGCAAAAAGAGTATTTGTTTCACTTGAGAAAGATCCTTATTCATACAACAATGGCCATTCGTCAAATTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788540.1
MCLCFSKFHSHHTSILWLLLIKLYRDSTLLVHLSIYTTYFQTTTINKYSKFYSFLLSFSITRNLQKEYLFHLRKILIHTTMAIRQILRRSLSSERRADEVPKGHVAVYVGDDEKKRFVIPVSYLNHPSFQEFLFQAEEEFGFNHPMGGLTIPCSEDSFVDFISGLSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器