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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005254`

染色体: Chr01 坐标: 70041869-70045727 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005254`
名称	SmilChr01G005254
描述	tRNA-dihydrouridine(47) synthase [NAD(P)(+)]-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70041869 - 70045727 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005589`
GeneID	`131005589`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005589`
原始查询	`SmilChr01G005254`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tRNA-dihydrouridine(47) synthase [NAD(P)(+)]-like
产物	tRNA-dihydrouridine(47) synthase [NAD(P)(+)]-like
Arabidopsis	`AT4G38890` (AT4G38890) FMN-linked oxidoreductases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830044] identity=62.3; qcov=0.916; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0117600` (OsC3H26) - identity=63.5; qcov=0.871; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0008033 (tRNA processing); GO:0017150 (tRNA dihydrouridine synthase activity); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding)
KEGG	-
Pfam	PF01207 (Dus); PF25585 (zf-CCCH_DUS3L)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788581.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057788581.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788581.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788581.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788581.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70041990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C86
`Chr1:70042028`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B14
`Chr1:70042028`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B14
`Chr1:70042065`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B63
`Chr1:70042281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C23
`Chr1:70042292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:70042353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B122,C86,D11
`Chr1:70043012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr1:70043298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr1:70043444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr1:70043450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:70043495`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788581.1

738 aa

369

738

zf-CCCH_DUS3L

Dus

PF25585 zf-CCCH_DUS3L 154-184 aa PF25585 zf-CCCH_DUS3L 186-217 aa PF01207 Dus 389-624 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788581.1`	Pfam	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	Domain	154	184	3e-16	59.8	DUS3L CCCH zinc finger domain
`XP_057788581.1`	Pfam	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	Domain	186	217	3e-16	59.8	DUS3L CCCH zinc finger domain
`XP_057788581.1`	Pfam	`PF01207`	Dus	Domain	389	624	5.7e-50	170.9	Dihydrouridine synthase (Dus)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932598.1
GCCTACGAAAGGCCCACCATTGATTTGATGGACCTTCCTTCCTATTGCAGCCCAAATATACAAAGTATTCATCCAAACGACGTCGGATTGTTACTGCCGATTCGGGAAATTCAAGCTAACCATAAACCACCACCACTGTCACGTTCCTTAAAACCCTACCCTTCCACCATCAAACCCGACCCGAATATGGAAGACCCGTCACCCCGCGAAGACATCTCAAACGGCGTAGTCCCGGCGCCGCTGCCGCATTGTCAAATGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005589
ATGGACCTTCCTTCCTATTGCAGCCCAAATATACAAAGTATTCATCCAAACGACGTCGGATTGTTACTGCCGATTCGGGAAATTCAAGCTAACCATAAACCACCACCACTGTCACGTTCCTTAAAACCCTACCCTTCCACCATCAAACCCGACCCGAATATGGAAGACCCGTCACCCCGCGAAGACATCTCAAACGGCGTAGTCCCGGCGCCGCTGCCGCATTGTCAAATGACCGCCGCGGAGCTGGTGGCTAAAGCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788581.1
MDLPSYCSPNIQSIHPNDVGLLLPIREIQANHKPPPLSRSLKPYPSTIKPDPNMEDPSPREDISNGVVPAPLPHCQMTAAELVAKAIAPMRREFLRPPPVRNCDNSVDKNSDDKEAAQDDGRISVSAAPILKEKKSKRQLKRERRQEQKSVLHICPVVAKSGEVSACVYNENCRFSHDLEAFKSQKPADLDGVCPFLSKVGPCPYGLACRFAGTHKADDGEATTDDGDRKNSEMNALTKDVQRLLWKNRMKFPKADAALK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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