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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005269

染色体: Chr01 坐标: 70127786-70128712 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005269
名称SmilChr01G005269
描述dirigent protein 23-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70127786 - 70128712 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005605
GeneID131005605
locus_tag-
NCBI NameLOC131005605
原始查询SmilChr01G005269

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 23-like
产物dirigent protein 23-like
ArabidopsisAT2G21100 (AT2G21100)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645]
identity=53.3; qcov=0.873; evalue=2.17e-57; confidence=high
RiceOs11g0180000
-
identity=46.4; qcov=0.81; evalue=2.53e-42; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005605

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057788598.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057788598.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788598.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788598.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788598.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70127973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:70128067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B108,C41
Chr1:70128224 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 7 A1,B115,B20,C32,C54,C6,C68
Chr1:70128339 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B26,B65
Chr1:70128339 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 2 B26,B65
Chr1:70128352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr1:70128409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B25,B7,C5,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788598.1
189 aa
N
1
94
189
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 43-185 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788598.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 43 185 7.1e-49 166.0 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932615.1
ATTTTCTTGAACCAACCCATAAGTCCAACTTGAATTAGTTCAACTACTCTAAAAATTAAAAATACCCTCAAATTGCACAATATCCCCAGCCAGTCAACTTTAAATTTGGTACTACATTTGATCAAGAAGCCAAAAATGGCAATCCAAAATCAAATTCCACTTCTCATCACTCTTGCTTCAACCATTGCCTTTTGTGCTCAAGCCCAAAACGGCGATCAAGCCACGTGGGCCAAGCGAGTTGACTCGGGCGATCAAGTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005605
ATGGCAATCCAAAATCAAATTCCACTTCTCATCACTCTTGCTTCAACCATTGCCTTTTGTGCTCAAGCCCAAAACGGCGATCAAGCCACGTGGGCCAAGCGAGTTGACTCGGGCGATCAAGTGGTGACGACTCTCCAATTCTATTTCCACGACAAACTCAGCGGCCAAAACCCGAGCGCGATCGAGATAGCTCGACCGTTGCAGGGCGGCGCCGCCCTCCCCGGTCAATTCGGCAAGCTCTTGATGATCGACGACGCGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788598.1
MAIQNQIPLLITLASTIAFCAQAQNGDQATWAKRVDSGDQVVTTLQFYFHDKLSGQNPSAIEIARPLQGGAALPGQFGKLLMIDDALTVGPDPSSKLVGRARGLYGSAAQAELNLIMALSYVFTDGIYDGSSLSLLSINSALNSPREMSVVGGTGLFRLARGYAVAQTYSADVSGDAVVGYNVTVATNI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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