Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005280`

染色体: Chr01 坐标: 70200648-70203983 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005280`
名称	SmilChr01G005280
描述	probable amidase At4g34880
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70200648 - 70203983 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005615`
GeneID	`131005615`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005615`
原始查询	`SmilChr01G005280`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable amidase At4g34880
产物	probable amidase At4g34880
Arabidopsis	`AT4G34880` (AT4G34880) Amidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829640] identity=59.2; qcov=0.929; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0183500` - identity=58.1; qcov=0.929; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00360 (Phenylalanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00380 (Tryptophan metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01425 (Amidase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057788608.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057788608.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788608.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788608.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788608.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70200969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:70203609`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr1:70203674`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr1:70203679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B73,B82,C51,C77
`Chr1:70203735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B114,B138,B69,B88
`Chr1:70203747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B114,B138,B69,B88
`Chr1:70203835`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788608.1

522 aa

261

522

Amidase

PF01425 Amidase 62-501 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788608.1`	Pfam	`PF01425`	Amidase	Domain	62	501	1.3e-66	226.2	Amidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932625.1
ATTTAATTGAAAAAGGCGCGCAAATCTTGAGATGAATCGGTTTTCTTTGTCCGTTCTCACACCTCTTCCTCATCCGTCTCAATCAAGCAATCCAGGTCAAACCTCCGAGGTTTCGCAGAATTCCGCCATGGAAGAGCTGGATTTCAATGTAGAAGAAGCCACCATCAAATCAATCCAACAAGCATTCGCAGAGGGCAAGCTCACCGCCAGAAACCTAGTGGATTTCTACCTGCACCAGATCGAGCACCTCAATCCCCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005615
ATGAATCGGTTTTCTTTGTCCGTTCTCACACCTCTTCCTCATCCGTCTCAATCAAGCAATCCAGGTCAAACCTCCGAGGTTTCGCAGAATTCCGCCATGGAAGAGCTGGATTTCAATGTAGAAGAAGCCACCATCAAATCAATCCAACAAGCATTCGCAGAGGGCAAGCTCACCGCCAGAAACCTAGTGGATTTCTACCTGCACCAGATCGAGCACCTCAATCCCCTGCTCCGCGCCGTGATCGAGGTGAACCCCGACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788608.1
MNRFSLSVLTPLPHPSQSSNPGQTSEVSQNSAMEELDFNVEEATIKSIQQAFAEGKLTARNLVDFYLHQIEHLNPLLRAVIEVNPDAQLLADESDKARSRNADLGELHGIPVLLKDTIGTRDRLSTTAGSYALLGSKVRRDAAVVERLRRSGAVILGKASLSEWYRFRSLSGVPDGWCARSGQGVNPYVSSGTPCGSSSGSAISVAANMVCVSLGTETHSSIICPSDHNSVVGIKPTVGLTSRAGVIPMTPRWDTIGPIC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器