当前解析结果
SmilChr01G005283| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005283 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005283 |
| 描述 | dirigent protein 23-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 70211361 - 70212134 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005618 |
|---|---|
| GeneID | 131005618 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005618 |
| 原始查询 | SmilChr01G005283 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 23-like |
| 产物 | dirigent protein 23-like |
| Arabidopsis | AT2G21100 (AT2G21100)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645] identity=50.6; qcov=0.93; evalue=5.29e-55; confidence=high |
| Rice | Os12g0174700- identity=51; qcov=0.765; evalue=6.58e-42; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005618 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057788611.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057788611.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788611.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788611.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788611.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:70211530 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B22,B41,B90,C40,C66 |
Chr1:70211599 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B114,B69,B88 |
Chr1:70211648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr1:70211651 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B130,B66,B85 |
Chr1:70211671 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,C8,C82 |
Chr1:70211733 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,C17 |
Chr1:70211856 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr1:70211860 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,C8,C82 |
Chr1:70211865 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A19,B138,B69,B88 |
Chr1:70211865 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | A19,B138,B69,B88 |
Chr1:70211881 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C52 |
Chr1:70211881 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788611.1PF03018
Dirigent 39-180 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788611.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 39 | 180 | 1.1e-47 | 162.2 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。