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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005287

染色体: Chr01 坐标: 70221087-70222094 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005287
名称SmilChr01G005287
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70221087 - 70222094 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012390
GeneID131012390
locus_tag-
NCBI NameLOC131012390
原始查询SmilChr01G005287

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=32.1; qcov=0.493; evalue=7.64e-15; confidence=low
RiceOs11g0303800
-
identity=22.3; qcov=0.91; evalue=7.33e-10; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012390

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796318.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796318.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796318.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796318.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796318.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70221125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B64
Chr1:70221134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B24
Chr1:70221186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr1:70221229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:70221276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B72,C32,C68,C77
Chr1:70221352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr1:70221385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B113
Chr1:70221435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr1:70221507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B138
Chr1:70221522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B36,C7
Chr1:70221538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr1:70221545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940335.1
ATGGATCCTAGAAATTTTTTTGAGGATCCTCAAAATTTCTCAAACTCCCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTGATAGCCAAGTTTTTGGATCTGGTTCAAACCCTCAATTTCCATATGATCTCACTCATGAAAATTCCACTCAAGAAAATGTCCACCCCACAAACACAAACACCTCCAGCGGTCCGAAAGGTTGGAATGATCAAGAAGATTTGGCGCTCATGTATGCTTGGTGTACTTGTAGCTCAGATTCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012390
ATGGATCCTAGAAATTTTTTTGAGGATCCTCAAAATTTCTCAAACTCCCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTGATAGCCAAGTTTTTGGATCTGGTTCAAACCCTCAATTTCCATATGATCTCACTCATGAAAATTCCACTCAAGAAAATGTCCACCCCACAAACACAAACACCTCCAGCGGTCCGAAAGGTTGGAATGATCAAGAAGATTTGGCGCTCATGTATGCTTGGTGTACTTGTAGCTCAGATTCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796318.1
MDPRNFFEDPQNFSNSQDYYPNLDNIDSQVFGSGSNPQFPYDLTHENSTQENVHPTNTNTSSGPKGWNDQEDLALMYAWCTCSSDSIVGTNQNKANLWTRIRAMYEESRVDNSRLMGEKRTIESLRNRYKRLNANVTKWVGAYVEAYARKSSGMSDADVEKKAQIFYGTTKFTHHEVFEKVMRHHPNWELKLGTERTRARAVDDEDDVEEDRGSSKKSRTTEEDENLNNSTSETPVSETSTIRRPAGRDKAKAKRKGKAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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