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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005288`

染色体: Chr01 坐标: 70222699-70224075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005288`
名称	SmilChr01G005288
描述	uncharacterized SmilChr01G005288
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70222699 - 70224075 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012395`
GeneID	`131012395`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012395`
原始查询	`SmilChr01G005288`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=47.3; qcov=0.282; evalue=3.29e-35; confidence=weak
Rice	`Os06g0597250` - identity=49.1; qcov=0.934; evalue=3.47e-144; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012395

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796332.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057796332.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057796332.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796332.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796332.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70222798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B24,C45,C50,C87,D10,D6
`Chr1:70222802`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C80
`Chr1:70222803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr1:70222809`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B11,B117,B118,C40
`Chr1:70222829`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	35	A11,A15,B101,B102,B104,B11,B114,B115,B117,B12,B129,B13,B139,B3,B40,B54,B72,B73,B78,B84,B85,B88,B91,B95,C15,C2,C27,C3,C36,C38,C70,C85,C9,D3,D5
`Chr1:70222871`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B52,B55,C50,C55
`Chr1:70222880`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,C32,C68
`Chr1:70222883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:70222885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B90
`Chr1:70222885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr1:70222888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	A10,B113,B127,B129,B131,B28,B34,B35,B50,B59,B61,B67,B84,B95,C33,C46,D4
`Chr1:70222906`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	A5,B119,B127,B137,B18,B23,B42,B43,B90,B92,C45,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796332.1

458 aa

229

458

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 73-111 aa PF04827 Plant_tran 181-383 aa PF13359 DDE_Tnp_4 210-373 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796332.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	73	111	7.7e-16	58.3	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057796332.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	181	383	1.7e-103	345.3	Plant transposon protein
`XP_057796332.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	210	373	7.4e-09	36.1	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940349.1
ATGACATCAAATGAAAACTTTGATGATTACAGTCCTAGCTTTGATCCTTTCGATTACACCGAATTTGATGAAATGCATGAAAACCATGTATTACAAAATCGACGCATTGACTCCATGATCGATGACGTGGCTTTTCAGATTCCAACTCTATCTTTACAACCTACAAACAACACTGATAGAGCACCACGACGATTTATTGAACGTCGTCGTGAGCAAGGCCATGAAGGTGTGTTCGAGCAATACTTTTCAAATGATCCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012395
ATGACATCAAATGAAAACTTTGATGATTACAGTCCTAGCTTTGATCCTTTCGATTACACCGAATTTGATGAAATGCATGAAAACCATGTATTACAAAATCGACGCATTGACTCCATGATCGATGACGTGGCTTTTCAGATTCCAACTCTATCTTTACAACCTACAAACAACACTGATAGAGCACCACGACGATTTATTGAACGTCGTCGTGAGCAAGGCCATGAAGGTGTGTTCGAGCAATACTTTTCAAATGATCCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796332.1
MTSNENFDDYSPSFDPFDYTEFDEMHENHVLQNRRIDSMIDDVAFQIPTLSLQPTNNTDRAPRRFIERRREQGHEGVFEQYFSNDPIYTPEVFRTRFRMRKPLFERIMNKLVATDKFFQQKRDATGRLGMSSIQKCTAAMRVLAYGTGADLHDEYIRMSAQTIRKSVEKFVQGVVHNFGGEYLRRPTEEDLAYLLYVGAQRGFPGMLGSIDCMHWEWKNCPTAWAGQYTGRSGKTTIILEAIASQDLWIWHAFFGTPGSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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