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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005297

染色体: Chr01 坐标: 70277189-70277889 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005297
名称SmilChr01G005297
描述dirigent protein 21-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70277189 - 70277889 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005630
GeneID131005630
locus_tag-
NCBI NameLOC131005630
原始查询SmilChr01G005297

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 21-like
产物dirigent protein 21-like
ArabidopsisAT1G65870 (AT1G65870)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842898]
identity=40.7; qcov=0.888; evalue=1.92e-38; confidence=medium
RiceOs11g0179400
-
identity=45.7; qcov=0.803; evalue=9.26e-36; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057788620.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057788620.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788620.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788620.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70277239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C48
Chr1:70277274 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 12 A7,B12,B15,B19,B30,B42,B55,B80,B81,B99,C25,C70
Chr1:70277330 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 34 A7,B107,B108,B12,B125,B128,B14,B15,B19,B20,B21,B30,B40,B42,B43,B55,B61,B63,B76,B80,B81,B88,B93,B99,C10,C16,C25,C26,C41,C44,C60,C70,C80,D9
Chr1:70277355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr1:70277462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:70277472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C8
Chr1:70277492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B44,C20,C32,C68
Chr1:70277533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:70277577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B54,C24,C64,C66
Chr1:70277605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B36,B51,B79,C62
Chr1:70277632 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 33 A21,A7,A8,B102,B103,B104,B109,B118,B119,B123,B126,B17,B25,B26,B3,B31,B38,B39,B48,B50,B52,B58,B71,C1,C19,C31,C5,C53,C73,C80,D11,D2,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788620.1
188 aa
N
1
94
188
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 48-186 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788620.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 48 186 5.5e-45 153.4 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932637.1
TACTACTACACTAAACACATAACCCATAAAACCCCCAAAAATGACGAAATCAACTTCAGCTTCCATTCTCTTACTCACCCTAATTTCCGCAATAACCCTAAACGACGTCGTTTCAGAAGGCCCGACGGAGCTCAAGAGCTGGTTCGAGATGATGAGCCGCGACAAACCGCCCGAGAAAATTACCAAATTGCACTTCTACTTCCATGATTTGGCCAAGGGCAAAAACGTAACTGCGGCCGTGGTGGCCCGATCCAACGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005630
ATGACGAAATCAACTTCAGCTTCCATTCTCTTACTCACCCTAATTTCCGCAATAACCCTAAACGACGTCGTTTCAGAAGGCCCGACGGAGCTCAAGAGCTGGTTCGAGATGATGAGCCGCGACAAACCGCCCGAGAAAATTACCAAATTGCACTTCTACTTCCATGATTTGGCCAAGGGCAAAAACGTAACTGCGGCCGTGGTGGCCCGATCCAACGTCACTTCTTTCGGGGTGCTTGCTTCGGCGGATGACCCGCTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788620.1
MTKSTSASILLLTLISAITLNDVVSEGPTELKSWFEMMSRDKPPEKITKLHFYFHDLAKGKNVTAAVVARSNVTSFGVLASADDPLTVRPELTSKRVGYLKGLYMTASFEEVDLLMAMTFVFTDETYNGSSLSVLGHNPHQHLYRELPVVGGSGRFRLARGVASLQTYFYNRTIGNAIVEVDIMVFHY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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