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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005300

染色体: Chr01 坐标: 70295068-70295949 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005300
名称SmilChr01G005300
描述dirigent protein 21-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70295068 - 70295949 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005633
GeneID131005633
locus_tag-
NCBI NameLOC131005633
原始查询SmilChr01G005300

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 21-like
产物dirigent protein 21-like
ArabidopsisAT1G65870 (AT1G65870)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842898]
identity=44.2; qcov=0.742; evalue=6.18e-40; confidence=medium
RiceOs11g0180000
-
identity=45.1; qcov=0.717; evalue=4.08e-37; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005633

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057788623.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788623.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788623.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788623.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788623.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70295305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C3,D6
Chr1:70295323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,B64,B74
Chr1:70295353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,D6
Chr1:70295391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:70295425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C82
Chr1:70295640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:70295692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,C82
Chr1:70295782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788623.1
198 aa
N
1
99
198
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 51-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788623.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 51 193 2.1e-45 154.8 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932640.1
TCACATCAAAATTGCACTACTTCTCAAATTCCCATCATCACAAAATAAATCAAAACAATGGAGAAGCTAAAAACATCTCTAATTTTCTTGACATTTTCATGCATTTTCATATCCACCCCTACAGCACATGCTGACAAACAAATCCCCGACAACGGCACCAAAAATTCGTGGTTCGAAAACATCTGCAAAGGACGGGAAAACATTGCCAAACTCCATTTCTACGTTCAAGACGTACGAAGCGGTCCGAACACCACCGCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005633
ATGGAGAAGCTAAAAACATCTCTAATTTTCTTGACATTTTCATGCATTTTCATATCCACCCCTACAGCACATGCTGACAAACAAATCCCCGACAACGGCACCAAAAATTCGTGGTTCGAAAACATCTGCAAAGGACGGGAAAACATTGCCAAACTCCATTTCTACGTTCAAGACGTACGAAGCGGTCCGAACACCACCGCGTTCAACGTCGCTAGCTCCGCGGTCGCCTCGCCCGGCTCTTTGACGAGGTTCGCCGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788623.1
MEKLKTSLIFLTFSCIFISTPTAHADKQIPDNGTKNSWFENICKGRENIAKLHFYVQDVRSGPNTTAFNVASSAVASPGSLTRFAEVNVLDDKLTAAPELDSEEIGRVQGLTASADMRVRAISLSLNFVFTSGKYNGSTITIVGRNQLGDKQRELPVVGGTGIFRFARGYALTTTYLNDAVANRTVLEYSIYVTSTIG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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