当前解析结果
SmilChr01G005300| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005300 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005300 |
| 描述 | dirigent protein 21-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 70295068 - 70295949 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005633 |
|---|---|
| GeneID | 131005633 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005633 |
| 原始查询 | SmilChr01G005300 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 21-like |
| 产物 | dirigent protein 21-like |
| Arabidopsis | AT1G65870 (AT1G65870)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842898] identity=44.2; qcov=0.742; evalue=6.18e-40; confidence=medium |
| Rice | Os11g0180000- identity=45.1; qcov=0.717; evalue=4.08e-37; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005633 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057788623.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788623.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788623.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788623.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057788623.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:70295305 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,C3,D6 |
Chr1:70295323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B61,B64,B74 |
Chr1:70295353 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,D6 |
Chr1:70295391 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr1:70295425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,C82 |
Chr1:70295640 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr1:70295692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C8,C82 |
Chr1:70295782 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788623.1PF03018
Dirigent 51-193 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788623.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 51 | 193 | 2.1e-45 | 154.8 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。