当前解析结果
SmilChr01G005301| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005301 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005301 |
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 70298366 - 70299252 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005634 |
|---|---|
| GeneID | 131005634 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005634 |
| 原始查询 | SmilChr01G005301 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 产物 | dirigent protein 22-like |
| Arabidopsis | AT1G22900 (AT1G22900)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838897] identity=39.7; qcov=0.891; evalue=2.49e-37; confidence=medium |
| Rice | Os12g0174700- identity=42.8; qcov=0.721; evalue=5.96e-36; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005634 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057788624.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057788624.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788624.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788624.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788624.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:70298825 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C46,C77,D1 |
Chr1:70298833 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr1:70298834 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,C17,C34 |
Chr1:70298840 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:70298874 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A22,B139,B81,D11 |
Chr1:70298874 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A22,B139,B81,D11 |
Chr1:70298971 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A22,B139,D10,D11 |
Chr1:70298982 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A22 |
Chr1:70299016 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C26,C31 |
Chr1:70299046 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,C8,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788624.1PF03018
Dirigent 44-186 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788624.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 44 | 186 | 6.2e-43 | 146.8 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。