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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005303

染色体: Chr01 坐标: 70305549-70306130 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005303
名称SmilChr01G005303
描述dirigent protein 21-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70305549 - 70306130 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012414
GeneID131012414
locus_tag-
NCBI NameLOC131012414
原始查询SmilChr01G005303

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 21-like
产物dirigent protein 21-like
ArabidopsisAT1G65870 (AT1G65870)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842898]
identity=48.2; qcov=0.741; evalue=7.48e-40; confidence=medium
RiceOs12g0174700
-
identity=44.5; qcov=0.756; evalue=1.06e-36; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012414

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057796350.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057796350.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796350.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796350.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796350.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70305624 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 12 B107,B120,B24,B33,B34,B46,C21,C29,C45,C56,C71,D8
Chr1:70305738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C49,C7
Chr1:70305773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B139,D11
Chr1:70305974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:70306007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B50,D11
Chr1:70306106 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796350.1
193 aa
N
1
96
193
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 44-186 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796350.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 44 186 5e-44 150.3 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940367.1
ATGAAGAACCCAACAATTGGAATTCTCTTAACAATAACCTGCCTGCTCATCGCCACCGCCACCGCCACCGCCGCCGCGGCCAACGAAACCGCATGGCTCCAAACCTTCTGCCGAGGAAACAAATTCACAACCAAGCTTCATTTCTACGTTCACGACATACGAGCCGGCCCTAACGCCACCTTGTTTACCGTCGCTAACGCCTCCATCACCGCCGCTTCCCCCACCGGCTTCGGCCGCGTCAACGTCTTCGACGACCGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012414
ATGAAGAACCCAACAATTGGAATTCTCTTAACAATAACCTGCCTGCTCATCGCCACCGCCACCGCCACCGCCGCCGCGGCCAACGAAACCGCATGGCTCCAAACCTTCTGCCGAGGAAACAAATTCACAACCAAGCTTCATTTCTACGTTCACGACATACGAGCCGGCCCTAACGCCACCTTGTTTACCGTCGCTAACGCCTCCATCACCGCCGCTTCCCCCACCGGCTTCGGCCGCGTCAACGTCTTCGACGACCGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796350.1
MKNPTIGILLTITCLLIATATATAAAANETAWLQTFCRGNKFTTKLHFYVHDIRAGPNATLFTVANASITAASPTGFGRVNVFDDRITVSPDIASEEVGRAQGTTASVDLAVTAFSMNLNFFLTSGKFNGSTVTVVGRNQFADAQRELSVAGGAGAFREARGYAITSSYSFEAATNYSVIEYTVYVKTSRKCS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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