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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005316

染色体: Chr01 坐标: 70406401-70406994 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005316
名称SmilChr01G005316
描述dirigent protein 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70406401 - 70406994 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012479
GeneID131012479
locus_tag-
NCBI NameLOC131012479
原始查询SmilChr01G005316

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 1-like
产物dirigent protein 1-like
ArabidopsisAT5G42510 (AT5G42510)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834258]
identity=41.9; qcov=0.751; evalue=5.8e-35; confidence=medium
RiceOs12g0174700
-
identity=50; qcov=0.619; evalue=1.08e-33; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057796433.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057796433.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796433.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796433.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796433.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70406580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A6,B123,C26
Chr1:70406747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B94,D6
Chr1:70406781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:70406796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B123,C26
Chr1:70406880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:70406911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796433.1
197 aa
N
1
98
197
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 47-188 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796433.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 47 188 5e-39 134.1 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940450.1
ATGGCAAAGCTGAATATTAATTATCCAATTTTGGTTGTTTTCACTTTGTTGATAGCCACACAAGTTAGCCCTAGAAAATTATGTGATGAAGAAGATGAGCTACGCCTCGATTACATCTGCCTTCACAATCAAAAGCTAACCAAAATCCACTTCTACGCCCAAGACCTGTCGGGGGGCCCGAACGGCACGGTGCACGAACTCGCACGCGCCGCCGTCTCCACGGACGAGCCGTTCTCGTACGGGAAAATGTACGTGGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012479
ATGGCAAAGCTGAATATTAATTATCCAATTTTGGTTGTTTTCACTTTGTTGATAGCCACACAAGTTAGCCCTAGAAAATTATGTGATGAAGAAGATGAGCTACGCCTCGATTACATCTGCCTTCACAATCAAAAGCTAACCAAAATCCACTTCTACGCCCAAGACCTGTCGGGGGGCCCGAACGGCACGGTGCACGAACTCGCACGCGCCGCCGTCTCCACGGACGAGCCGTTCTCGTACGGGAAAATGTACGTGGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796433.1
MAKLNINYPILVVFTLLIATQVSPRKLCDEEDELRLDYICLHNQKLTKIHFYAQDLSGGPNGTVHELARAAVSTDEPFSYGKMYVVDDALTAGPGRGSGDVGRAQGIFTSADMKTTAMAMNFNIVFTSGEYNGSTLSIAGRNQVLDRQRRLAVVGGTGVFRFTRGHAVINAYSTTVGEDSSLYLVIEYFIYTTFCSM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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