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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005320`

染色体: Chr01 坐标: 70424670-70428515 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005320`
名称	SmilChr01G005320
描述	riboflavin biosynthesis protein PYRD, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70424670 - 70428515 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005645`
GeneID	`131005645`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005645`
原始查询	`SmilChr01G005320`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	riboflavin biosynthesis protein PYRD, chloroplastic-like
产物	riboflavin biosynthesis protein PYRD%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G20960` (PyrD) Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827843] identity=53.4; qcov=1.03; evalue=1.26e-142; confidence=high
Rice	`Os03g0117200` - identity=51.1; qcov=0.894; evalue=1.65e-113; confidence=high
GO	GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0008703 (5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity); GO:0008835 (diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity); GO:0009231 (riboflavin biosynthetic process)
KEGG	smil00740 (Riboflavin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00383 (dCMP_cyt_deam_1); PF01872 (RibD_C); PF14437 (MafB19-deam)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005645

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788634.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057788634.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788634.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788634.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788634.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70425503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr1:70425909`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr1:70426308`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B73
`Chr1:70426308`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B73
`Chr1:70426356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr1:70427510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:70427511`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B54,C25,C31,C41
`Chr1:70427637`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C37
`Chr1:70427727`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B26,B63
`Chr1:70427751`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788634.1

416 aa

208

416

MafB19-deam

dCMP_cyt_deam_1

RibD_C

PF14437 MafB19-deam 68-172 aa PF00383 dCMP_cyt_deam_1 70-167 aa PF01872 RibD_C 214-408 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788634.1`	Pfam	`PF14437`	MafB19-deam	Family	68	172	8.1e-09	36.2	MafB19-like deaminase
`XP_057788634.1`	Pfam	`PF00383`	dCMP_cyt_deam_1	Domain	70	167	4.4e-20	72.2	Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region
`XP_057788634.1`	Pfam	`PF01872`	RibD_C	Domain	214	408	3.9e-10	40.6	RibD C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009095328.1
TCACCCCCTCGAGCCGGCTGCCGCCGGTCAACCACGACACTGCTGCCATCATTTTCTCTCACGCCCTAACTCCCCCGCCCCACCCCCCTCGAGCCGCTGTCGCTGGTTAACCTCGACGCTGACGCCGATCGTTGCTAGAGTTCTCACAAAAATGGCATCCTAAACTATCAATGTATGGCGATATCCATCTCCAGTATGTATGCTCAAACGCTCCCTCCTCCACTTCCCATCCACACTTCCCACAATCCAACCTTCTTACC...

XR_009095329.1
TCACCCCCTCGAGCCGGCTGCCGCCGGTCAACCACGACACTGCTGCCATCATTTTCTCTCACGCCCTAACTCCCCCGCCCCACCCCCCTCGAGCCGCTGTCGCTGGTTAACCTCGACGCTGACGCCGATCGTTGCTAGAGTTCTCACAAAAATGGCATCCTAAACTATCAATGTATGGCGATATCCATCTCCAGTATGTATGCTCAAACGCTCCCTCCTCCACTTCCCATCCACACTTCCCACAATCCAACCTTCTTACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005645
ATGGCGATATCCATCTCCAGTATGTATGCTCAAACGCTCCCTCCTCCACTTCCCATCCACACTTCCCACAATCCAACCTTCTTACCAAACTCAAGATTTGGGCTCTGCAATTCACCGAAAAGGGTGTCCGAAACGAAAACTAGTTCGAGAAATAGTGCTCGTTTGGCTGTGATCAGATGCGGCGAAATGCAAGCAGATAAATTTGACCACGTGCATTATATGAGGCGCTGCATTGAGCTCGCAAGGAAGGCGATTGGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788634.1
MAISISSMYAQTLPPPLPIHTSHNPTFLPNSRFGLCNSPKRVSETKTSSRNSARLAVIRCGEMQADKFDHVHYMRRCIELARKAIGCTSPNPMVGCVIVKDGKIVGEGFHPKAGQPHAEVFALRDAGDLAENGTAYVSLEPCNHYGRTPPCSEALIKARVKNVVVGMVDPNPIVASTGVKKLQDAGIEVTVGVEEELCKRLNEAYIHYMLTRKPYVTLRYSMSLDGHLLDQVGEEAVECGGYYSKLLQEYDAIIVPSAAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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