当前解析结果
SmilChr01G005321| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005321 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005321 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G005321 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 70429853 - 70432586 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005646 |
|---|---|
| GeneID | 131005646 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005646 |
| 原始查询 | SmilChr01G005321 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=34.4; qcov=0.862; evalue=8.12e-62; confidence=low |
| Rice | Os08g0106900- identity=38.4; qcov=0.978; evalue=1.99e-84; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005646 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057788635.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057788635.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057788635.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788635.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057788635.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:70430007 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A18,A6,B61,B74,B87,C43,C45,C48,C54,C65,C72 |
Chr1:70430042 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,C23 |
Chr1:70430123 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A5,A6,B128,B131,B139,B15,B16,B20,B56,B62,B7,C26,C28,C3,C40,C47,C49,C58,C72,C73,C77,D1,D5 |
Chr1:70430128 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A16,B22,B6,C34,C52 |
Chr1:70430128 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | A16,B22,B6,C34,C52 |
Chr1:70430166 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 15 | A16,B102,B120,B15,B20,B56,B58,B91,C3,C49,C58,C62,C8,D5,D7 |
Chr1:70430167 |
TCG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 15 | A16,B102,B120,B15,B20,B56,B58,B91,C3,C49,C58,C62,C8,D5,D7 |
Chr1:70430175 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | A16,B102,B120,B15,B20,B56,B58,B91,C3,C49,C58,C62,C8,D5,D7 |
Chr1:70430198 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A16,B102,B120,B15,B20,B58,B91,C3,C49,C58,C62,C8,D5,D7 |
Chr1:70430201 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A16,B102,B120,B15,B20,B58,B91,C3,C49,C58,C62,C8,D5,D7 |
Chr1:70430226 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B100,B60,C70,D6 |
Chr1:70430226 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | B100,B60,C70,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788635.1PF26138
DUF8040 68-151 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 177-343 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 183-344 aa
PF04827
Plant_tran 286-347 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788635.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 68 | 151 | 1.2e-23 | 83.5 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057788635.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 177 | 343 | 2.6e-10 | 41.1 | Transposase DDE domain |
XP_057788635.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 183 | 344 | 1.7e-22 | 80.5 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057788635.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 286 | 347 | 2.3e-06 | 28.1 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。