当前解析结果
SmilChr01G005335| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005335 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005335 |
| 描述 | LOB domain-containing protein 37-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 70558421 - 70562607 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005662 |
|---|---|
| GeneID | 131005662 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005662 |
| 原始查询 | SmilChr01G005335 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LOB domain-containing protein 37-like |
| 产物 | LOB domain-containing protein 37-like |
| Arabidopsis | AT3G49940 (LBD38)LOB domain-containing protein 38 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824156] identity=51.1; qcov=1.14; evalue=1.81e-60; confidence=high |
| Rice | Os03g0445700 (OsLBD37)- identity=53.1; qcov=1.07; evalue=2.02e-63; confidence=high |
| GO | GO:0010468 (regulation of gene expression) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03195 (LOB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005662 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057788668.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788668.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788668.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057788668.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057788668.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:70558655 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C26,C27,C75,C82 |
Chr1:70558794 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,C26,C27,C75,C82 |
Chr1:70559019 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr1:70559169 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr1:70559223 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788668.1PF03195
LOB 2-99 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788668.1 |
Pfam | PF03195 |
LOB | Family | 2 | 99 | 7.5e-21 | 75.3 | Lateral organ boundaries (LOB) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。