Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005361`

染色体: Chr01 坐标: 70840324-70842319 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005361`
名称	SmilChr01G005361
描述	nematode resistance protein-like HSPRO2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70840324 - 70842319 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005688`
GeneID	`131005688`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005688`
原始查询	`SmilChr01G005361`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nematode resistance protein-like HSPRO2
产物	nematode resistance protein-like HSPRO2
Arabidopsis	`AT2G40000` (HSPRO2) ortholog of sugar beet HS1 PRO-1 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818588] identity=52.9; qcov=0.981; evalue=1.25e-168; confidence=high
Rice	`Os01g0855600` (HS1) - identity=53.8; qcov=0.918; evalue=1.85e-156; confidence=high
GO	GO:0006952 (defense response); GO:0019441 (GO:0019441); GO:0020037 (heme binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF07014 (Hs1pro-1_C); PF07231 (Hs1pro-1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005688

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788702.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057788702.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057788702.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788702.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788702.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70840588`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C61,C78
`Chr1:70840595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr1:70840767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B76
`Chr1:70840786`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B74
`Chr1:70840786`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B74
`Chr1:70840803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B93,C5,C51,C82,D11
`Chr1:70840929`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr1:70841157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr1:70841193`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B135,B52,C30,C57
`Chr1:70841229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B25,C29
`Chr1:70841244`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C61,C78
`Chr1:70841646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B74,B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788702.1

474 aa

237

474

Hs1pro-1_N

Hs1pro-1_C

PF07231 Hs1pro-1_N 1-201 aa PF07014 Hs1pro-1_C 204-459 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788702.1`	Pfam	`PF07231`	Hs1pro-1_N	Family	1	201	5.2e-76	255.2	Hs1pro-1 N-terminus
`XP_057788702.1`	Pfam	`PF07014`	Hs1pro-1_C	Family	204	459	6.7e-123	410.0	Hs1pro-1 protein C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932719.1
AATCCAAGGACACATTCGTCAATTTAATAATCCACAACCTACTGCGTTAGGTATATCCGTATATGGATAAGCTTTCAAAATACAAGAATTCTCATTATTAATTAATTCCATTCTGAAATTAATTAAATAATAATAATTCCCACCGCCGCGCCTTCACAATTTCTTCCACACGCCTTTCCCCTGTTTCTGTCCCCCATTTCCCCGACTCCTCTATATATACCCTTCCCCCCTCATTTCCTCTTCTCAAACCACAGATAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005688
ATGGTGGATTTGGATTGGAAAACTAAGATGATCGGCTCCGAGATCTCCAACAAGTCGCCGAAATTCTCCAACAAGCTCCAGATTACGATTCCACCGCTGAAGCTCCGCCTCGCTGAGCTGGCGGCGGCGTCGGACTCGTCGTGTTCGGCGTACGAACACTATCTCCGCCTTCCGGAGCTGAGGAAGCTATGGGAAGCTACCGAGTTTCCTGAATGGAAGAGCGAGTCGGTTCTCAAACCGGCTTTTACCGGCCTCGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788702.1
MVDLDWKTKMIGSEISNKSPKFSNKLQITIPPLKLRLAELAAASDSSCSAYEHYLRLPELRKLWEATEFPEWKSESVLKPAFTGLEITFRFISTVLSDARPYANRREWRRRLEALAMSEIEIIAQLCEDDEDDGETRATIPIVDLSSSAGALAPTNSSAEVWKMADDTVVVSHVSEESLLPQLAAWHKFEDVARKIQYAIECQMQGCPYTLGLGEPNLSGKPSLNYDLICKPTAVHALKRCPIDDVDSKNLENRTLYSTH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器