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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005365

染色体: Chr01 坐标: 70873447-70876296 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005365
名称SmilChr01G005365
描述uncharacterized SmilChr01G005365
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70873447 - 70876296 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005694
GeneID131005694
locus_tag-
NCBI NameLOC131005694
原始查询SmilChr01G005365

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820285]; symbol=AT3G11150; hit=AT3G11150; species=arabidopsis; confidence=medium
产物2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820285]; symbol=AT3G11150; hit=AT3G11150; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G11150 (AT3G11150)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820285]
identity=42.4; qcov=1.09; evalue=7.08e-69; confidence=medium
RiceOs01g0830500 (Os2OG-Fe)
-
identity=32.2; qcov=0.991; evalue=2.88e-31; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005694

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788710.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057788710.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057788710.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788710.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788710.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70873743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,A7,B64,B84
Chr1:70875521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:70875525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B129,B134,B138,B59
Chr1:70875583 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B24,B82
Chr1:70875583 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B24,B82
Chr1:70875589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:70875631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B41,C11,C37,C40,C69
Chr1:70875728 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 6 A6,B129,B134,B138,B59,C60
Chr1:70875773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B44,C2,C41,C65
Chr1:70875820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B46
Chr1:70875862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C9
Chr1:70875874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C5,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932727.1
CAAGGCGCGTGTAGGCGGGAGAAGCTCTATAAAAATATAAACGATTGCCCCTCACATTCACTACACAAAATGGCATCATCATCAGCCCACCATCCATTCGCCGCCACCGCCGCGCCGCCGCCCACCCCCTCTTTCGACTCCAATCTCTCCTCCGCTTCCACCTCTTCCGATTTCCTCTCAAATCTCCTCCACCGCCTCCCCCCTACCCTTTCCCTCAGCCATCGCTCCTCCCCACTCTCCTCTTCCTCCACCGCCACCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005694
ATGGCATCATCATCAGCCCACCATCCATTCGCCGCCACCGCCGCGCCGCCGCCCACCCCCTCTTTCGACTCCAATCTCTCCTCCGCTTCCACCTCTTCCGATTTCCTCTCAAATCTCCTCCACCGCCTCCCCCCTACCCTTTCCCTCAGCCATCGCTCCTCCCCACTCTCCTCTTCCTCCACCGCCACCGCCACCCCTCCCGTCGTTTCTCTCTCCGATCCGACCCCCTCTCTCCTCTCCGCCTCCACCGAACACGGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788710.1
MASSSAHHPFAATAAPPPTPSFDSNLSSASTSSDFLSNLLHRLPPTLSLSHRSSPLSSSSTATATPPVVSLSDPTPSLLSASTEHGFFHLTHHPIPSDLPLSAESTALSLFALPHHQKQLLFPTNWPLGHEIDDDGDGESFCLDSSFPAESTGELNFDCLREFTTEMEKLGLKVLEELASAVGFDNPARNELCSLLWISDGAGKPGRVYPYAVGLHYQIRCRKQTLLMDSGRVTVSGLADSVLVTLGDIAQVWSNGRVKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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