Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005396

染色体: Chr01 坐标: 71233151-71233672 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005396
名称SmilChr01G005396
描述uncharacterized SmilChr01G005396
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71233151 - 71233672 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012566
GeneID131012566
locus_tag-
NCBI NameLOC131012566
原始查询SmilChr01G005396

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT2G13770 (AT2G13770)
nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]
identity=51; qcov=0.601; evalue=1.14e-25; confidence=medium
RiceOs01g0872900
-
identity=58.9; qcov=0.647; evalue=2.13e-39; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796534.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057796534.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057796534.1
4 Telomere 端粒 0.20000 XP_057796534.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796534.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71233161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:71233175 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C59
Chr1:71233305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:71233328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B56
Chr1:71233355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C60
Chr1:71233370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C42,C51,C69
Chr1:71233375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr1:71233390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,C71,C86
Chr1:71233403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C2,C21
Chr1:71233407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C2
Chr1:71233420 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 22 A10,A23,A3,B103,B11,B133,B17,B29,B31,B40,B45,B50,B62,B71,B76,B78,B89,C1,C62,C72,C79,D9
Chr1:71233429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B13,C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940551.1
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGATGAGCGACGTGTTGAAGAATTTTCCAATCTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATTGGTGATCCAGAAGAACAACCTCGTCGTCGGCGACGAAGCGCGCGGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTACGTTTGCGTCGTGCGTTGTTTTTGCGCATCGTTAATGCCGTCGCCTCCGATCCATACTTCCAACAACGCACGGATGCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012566
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGATGAGCGACGTGTTGAAGAATTTTCCAATCTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATTGGTGATCCAGAAGAACAACCTCGTCGTCGGCGACGAAGCGCGCGGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTACGTTTGCGTCGTGCGTTGTTTTTGCGCATCGTTAATGCCGTCGCCTCCGATCCATACTTCCAACAACGCACGGATGCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796534.1
MSSSSSSHEDERRVEEFSNLVQQFNQIVQDIGDPEEQPRRRRRSARKKAFIRRDREAGAVRLRRALFLRIVNAVASDPYFQQRTDALGRPGFTPLQKCTVVVRMLANGGAADQYDEYLRIAESTTLECLRRFSRAIIQLFGAEYLRRPTSADCQRLLAMHEAKHGFPGMLGEP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器