当前解析结果
SmilChr01G005397| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005397 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005397 |
| 描述 | xylan O-acetyltransferase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 71236077 - 71238633 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005724 |
|---|---|
| GeneID | 131005724 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005724 |
| 原始查询 | SmilChr01G005397 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | xylan O-acetyltransferase 1-like |
| 产物 | xylan O-acetyltransferase 1-like |
| Arabidopsis | AT3G55990 (ESK1)trichome birefringence-like protein (DUF828) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824765] identity=66.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0291800 (OsTBL15)- identity=68.3; qcov=0.754; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016413 (O-acetyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13839 (PC-Esterase); PF14416 (PMR5N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005724 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057788761.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788761.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788761.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788761.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057788761.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:71236267 |
G |
GAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 51 | A1,A18,A2,A20,A22,A3,A5,B101,B117,B124,B136,B137,B14,B140,B18,B2,B21,B26,B27,B28,B3,B32,B36,B37,B49,B54,B61,B62,B72,B78,B80,B98,C1,C12,C26,C28,C29,C38,C4,C40,C54,C58,C59,C61,C67,C78,C80,C83,C84,C9,D2 |
Chr1:71236321 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B14,C31 |
Chr1:71236330 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:71236345 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B75 |
Chr1:71236366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,C7 |
Chr1:71236426 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:71236521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C54,C9 |
Chr1:71236595 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr1:71236611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,C7 |
Chr1:71236681 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:71236853 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B63,C78 |
Chr1:71237263 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788761.1PF14416
PMR5N 119-173 aa
PF13839
PC-Esterase 174-462 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788761.1 |
Pfam | PF14416 |
PMR5N | Domain | 119 | 173 | 1.6e-23 | 83.5 | PMR5 N terminal Domain |
XP_057788761.1 |
Pfam | PF13839 |
PC-Esterase | Family | 174 | 462 | 2.7e-94 | 317.0 | GDSL/SGNH-like Acyl-Esterase family found in Pmr5 and Cas1p |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。