Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005400`

染色体: Chr01 坐标: 71257772-71259678 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005400`
名称	SmilChr01G005400
描述	bet1-like protein At4g14600
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71257772 - 71259678 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005727`
GeneID	`131005727`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005727`
原始查询	`SmilChr01G005400`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述	bet1-like protein At4g14600
产物	bet1-like protein At4g14600
Arabidopsis	`AT4G14600` (AT4G14600) Target SNARE coiled-coil domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827108] identity=61.8; qcov=1.02; evalue=1.63e-51; confidence=high
Rice	`Os07g0577900` - identity=62.1; qcov=1.02; evalue=1.88e-49; confidence=medium
GO	-
KEGG	smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005727

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057788764.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.80000	`XP_057788764.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057788764.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057788764.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788764.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71258262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr1:71258832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:71259403`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C47,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932781.1
AATTATGTGCGTATTTACATATTTTGAACAAACCTTCATATTTTGGTTTGGAACTGTCTTAGCTGGGAGAATGGAAAAAGAAAGAAAACTGTAGACTCCACGGGAAGATCTGCGATTTCATTCTCTCTTCTAACAGAGCTTTTTTCTTCTCTCTCGCTTTCACAAACCCTAGCTGCTTTCCTTCTCCCTCCACAACAGAGCTTTATTCCTGAATTTTGGAATTCTTAGAGTTTTTCAACGTAATATCTAATGGCTGGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005727
ATGGCTGGCCCGTATCGATCGAGAGAGGGATTAAGCACCAGATCGGCGGCGTTTGGTGGCAATTCAGAGGAGTTTCAGGTGCGAATCGAGCCCGACTTTGACGAGGAGGTCAGCGGTCTTCGCAAGCAAGTTCGACGGTTACGTGATGTAGCTCAAGATATCGAGACGGAAGCTAAGTTTCAGAATGATTTCCTTAATCAGCTGCAAATGACATTGATCAAAGCTCAGGCTGGGGTGAAGAACAACATGAGGAGACTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788764.1
MAGPYRSREGLSTRSAAFGGNSEEFQVRIEPDFDEEVSGLRKQVRRLRDVAQDIETEAKFQNDFLNQLQMTLIKAQAGVKNNMRRLNKSIVWEGSSHVMHVVLFALLLFFIVYLLAKISRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器