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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005416

染色体: Chr01 坐标: 71373066-71376200 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005416
名称SmilChr01G005416
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g40720
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71373066 - 71376200 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005743
GeneID131005743
locus_tag-
NCBI NameLOC131005743
原始查询SmilChr01G005416

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g40720
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g40720
ArabidopsisAT2G40720 (AT2G40720)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818667]
identity=46.7; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0552300 (PPS1)
-
identity=32; qcov=0.841; evalue=1.14e-121; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005743

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057788782.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788782.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788782.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788782.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788782.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71373619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:71374028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C61
Chr1:71374197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:71374299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:71374336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B53,D2,D7
Chr1:71374348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:71374357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A3,B100,B140,B61
Chr1:71374520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A3,B100,B61
Chr1:71374708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B24,B75,B94,C80
Chr1:71374809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:71375077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B53,D2,D7
Chr1:71375217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788782.1
864 aa
N
1
432
864
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 97-123 aa PF13041 PPR_2 129-172 aa PF01535 PPR 133-160 aa PF01535 PPR 204-230 aa PF01535 PPR 235-263 aa PF01535 PPR 307-333 aa PF13041 PPR_2 334-379 aa PF01535 PPR 336-364 aa PF01535 PPR 408-435 aa PF01535 PPR 436-466 aa PF01535 PPR 610-635 aa PF13041 PPR_2 636-682 aa PF01535 PPR 638-667 aa PF13812 PPR_3 659-718 aa PF01535 PPR 673-703 aa PF01535 PPR 708-733 aa PF20431 E_motif 752-814 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 97 123 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 129 172 9e-79 260.1 PPR repeat family
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 133 160 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 204 230 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 235 263 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 307 333 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 334 379 9e-79 260.1 PPR repeat family
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 336 364 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 408 435 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 436 466 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 610 635 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 636 682 9e-79 260.1 PPR repeat family
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 638 667 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 659 718 8.6e-20 71.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 673 703 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 708 733 5.6e-76 246.4 PPR repeat
XP_057788782.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 752 814 3.5e-12 47.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932799.1
GGTCAATTGTAAAGACCAACCAGTAAGACATTTCATCAAACATCTGATAGACAAGAATCGAGCTTCCTCAAAAGCCTTCAATTCTTAGCAAATTTAGTTGATGATGAAGGTAACATCTATATTCGATATATAAGTGCTACATTTTACATGGAGCCCAGAAATTTAAATCGTCTCCGACGTATTTAAGAATTGCAAGAAAACGAGCATGAAATATGCGCTCAAATGGCGTCTTTATCTCTCGGACCTTTTCAACGATCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005743
ATGCGCTCAAATGGCGTCTTTATCTCTCGGACCTTTTCAACGATCATCAGGAAACCCCACTCTTCCTCTCATCAAGCCAACTCCAGAATCAAATCCTTAGTTCAACAGGGAAGTTATCGAGAAGCCCTAGAATTTTACTCCAACCATCTCAACTTCCCAAATGATACTACTTCAAGATTCATCTTTCCTTCTCTGCTCAAGTCATGCGCTTCCCTCTCAAATTCAACCTTCGGCGGCGCTCTCCAATCCACGATCATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788782.1
MRSNGVFISRTFSTIIRKPHSSSHQANSRIKSLVQQGSYREALEFYSNHLNFPNDTTSRFIFPSLLKSCASLSNSTFGGALQSTIIKLGLLFDPYIVTSLVQMYVKCGSLGSAVHLFDDLPECEILTNDVALWNSIIDGYFKNGLIEEGVAQVRRMLELNVKPDGYTLCILLGTSNACLGVSCGREIHGFVIRNTFFHDPFVATAMIDLYSSYGRPMDAWNVFKKLEFDNCSIAVWNAMISGFCENGLWRNSLQLYLLAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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